为降兵医疗，厚待刘国轩亲信，全部让他们回台湾，叫他们给刘国轩捎信：如果投降，一定保奏，封给公侯。
台湾人心鼎沸。郑克塽令文武商量对策。建威中镇黄良骥主张取吕宋（菲律宾），冯锡范同意，但刘国轩认为不行，坚决主张投降。闰六月初八，郑克塽让协理礼官郑英平、宾客司林维荣持降表到澎湖见施琅，请求允许世守台湾，受到拒绝。郑克塽不得已派冯锡圭等再到施琅跟前，表示彻底投降，交出延平王印、武平侯刘国轩印、忠诚侯冯锡范印，又派遣刘国昌、冯锡奎到施琅军前，缴奏版籍土地人民。这时康熙降敕也到达澎湖。内容大意是郑氏集团如果投降，他们过去的罪过一定尽行赦免并从优叙录。这个降敕使郑氏集团吃了定心丸。
八月十一日施琅入鹿耳门（台南安平港北）受降。郑克塽遥向京师叩头谢恩。十八日，郑克塽剃头易服，施琅宣布皇帝诏书。郑克塽举家迁北京，封公爵，后来病死。
台湾平定捷报传至京城，正是中秋。康熙授予施琅靖海将军称号，封靖海侯。
康熙赋诗，把施琅比为汉伏波将军：
岛屿全军入，沧溟一战收。降帆来蜃市，露布彻龙楼。
上将能宣力，奇功本伐谋。伏波名共美，南纪共安流。
自此清朝统一台湾。台湾原称东宁府，郑克塽投降后改台湾府。台湾设总兵一员，副将2员，兵8千，澎湖设副将一员，兵2千驻守。
康熙三征噶尔丹
康熙帝于二十九年（1690）、三十五年、三十六年三次率军讨伐准部噶尔丹叛乱并取得胜利，开始了统一新疆、青海、西藏和蒙古大业。
元代灭亡时，蒙古分成3大部：漠南蒙古、漠北蒙古、漠西蒙古。他们都是成吉思汗的后代。漠南蒙古（今内蒙古）早就臣属清朝，而漠北、漠西蒙古有时与清王朝通使，有时为寇。漠西蒙古分为四部：准噶尔部、和硕特部、土尔扈特和图尔伯特部。噶尔丹就是最强的准噶尔部的首领。他在沙俄支持下，肆意侵犯其他部落，打进南疆。
清初，噶尔丹兼并漠西其他三部，又征服了青海和天山南北路，日益骄傲。康熙二十七年，噶尔丹率兵袭击喀尔喀蒙古，土谢图汗和哲布尊丹巴胡图克投奔漠南乞降。康熙命尚书阿尔尼安置他们。二十九年六月，噶尔丹在沙俄二万人支持下以追仇人土谢图汗和哲布尊丹巴为名进袭离北京900里的乌珠穆沁，并深入到乌兰布通（今赤峰附近）。为镇压噶尔丹的叛乱，二十九年（1690）七月十四日，康熙帝御驾亲征，世祖次子裕亲王福全为抚远大将军率军出古北口；世祖五子恭亲王常宁为安北大将军率军出喜峰口。至博洛和屯，康熙感冒回銮，兵马听由裕亲王福全指挥。后来康熙令由康亲王杰书替代恭亲王领军与福全会合。八月初一，清军与噶尔丹于乌兰布通遭遇，击破其用骆驼构成的驼城，噶尔丹大败，只剩下几千人马。噶尔丹派人顶佛像要求原谅他的罪过，上书请降。福全没有穷追，让噶尔丹逃脱，被削爵，罢议政。
噶尔丹并没甘心失败，积极发展力量，气焰嚣张，多次要求清廷把土谢图汗和哲布尊丹巴交出来。三十三年噶尔丹派兵侵略喀尔喀益甚。三十四年噶尔丹率兵三万沿克鲁伦河而下，侵至巴颜乌兰。第二年康熙三十五年春，康熙第二次御驾亲征。令将军萨布素率东三省兵出东路，在要道上阻拦，大将军费扬古、振武将军孙思克率陕甘绿营兵出宁夏西路，切断归路。康熙帝本人出中路，约期夹攻。五月，康熙由科图到达漠西。这时东西两路军尚未到达。清军迂回行走，粮草运输遇雨，军队走了70多天，人马困顿。大学士伊桑阿等请求回銮，遭到康熙痛斥。噶尔丹听说清兵前来，连忙逃走，在昭莫多（今蒙古乌兰巴托东南）被西路军拦截。费扬古袭击噶尔丹阵后辎重妇女，噶尔丹大败。斩首数千，降三千，获马驼、牛羊无数。噶尔丹带着几十个骑兵逃走。
噶尔丹破喀尔喀后，留恋漠北，其伊犁旧部落全部被侄子策妄阿拉布坦所并，噶尔丹走投无路。
康熙三十六年二月康熙帝第三次御驾亲征。康熙令马思哈、费扬古两路进兵。由于清政府警告了俄罗斯不要与噶尔丹建立军事同盟，同时在伊犁的噶尔丹侄子策妄阿拉布坦正等着噶尔丹，准备把他抓起来献功。噶尔丹众叛亲离，便仰药而死。策妄阿拉布坦派人进京朝贡，献上噶尔丹尸体。
第三次征讨时，康熙一天在沙漠发现明成祖勒铭纪功之碑。洗干净一看，上有“永清沙漠”之语。康熙感慨地说：“真是永清了！”话里饱含了征服噶尔丹的喜悦。
“真是永清了”，这句话说得早了点儿。噶尔丹死后，策妄阿拉布坦与贵族达瓦奇仍继续为乱。雍正帝与乾隆帝继续征讨，才最后把准部平定。
平定罗卜藏丹津
上文提到漠西蒙古（也称尼鲁特蒙古）。漠西蒙古分四部，其一为和硕特部。明末，该部移居青海，曾帮助清朝抗击过噶尔丹和他的侄儿策妄阿拉布坦对青海和西藏的骚扰。康熙三十七年（1696）清廷任命其头目达什巴图尔为和硕亲王。
达什巴图尔死后，其子罗卜藏丹津袭爵，他认为青海、西藏都是和硕部的领土，自己又是和硕特部酋长固始汗（即顾实汗）的嫡孙，应恢复前人的霸业，统帅诸部。雍正帝刚登基，他认为这是脱离清王朝羁绊的好时机，便于雍正元年夏天引诱诸部在察罕陀罗海联盟，叫他们各复旧号，取消清朝王、贝勒、公等爵号。他自称达赖浑台吉以统诸部，想据唐古特以遥控青海。八月，他把劝说他罢兵的清朝驻西宁侍郎常寿拘留起来。青海大喇嘛察罕诺门因他所诱服从了他。大喇嘛服从后，远近效法。游牧番子喇嘛等20余万人同时骚动，进犯西宁，掠牛马，抗官兵。
这年冬十月，雍正令川陕总督年羹尧为抚远大将军进驻西宁，以四川提督岳钟琪为奋威将军，参赞军务，平定叛乱。丹津以青海沙拉图为根据地，派兵攻打西宁附近小城、驿站。年羹尧分兵出永昌、布隆吉河，防其内乱，南守巴塘、里塘、黄胜关，堵住叛军入藏之路，又请富宁安等屯吐鲁番及噶斯泊，断其通准部之路，又派兵分攻镇南、申中等堡。罗卜藏丹津开始害怕起来，释放了常寿。他上表请和，雍正不答应。
第二年正月，岳钟琪进攻西宁东北的部隆寺，斩敌6千。年羹尧率兵2万进攻在柴达木负隅顽抗的罗卜藏丹津。二月岳钟琪夜袭哈达河，一夜进军160里，黎明突至，叛兵还没起身，罗卜藏丹津穿妇人衣逃跑。清兵紧追，日行3百里，几天后到达青海、西藏交界的桑骆海。俘获罗卜藏丹津的母亲、弟、妹和叛军头目，杀叛军8万。
四月，岳钟琪以2万兵进剿罗卜藏丹津余部，在庄浪卫的西山俘杀叛军5千，其余投降，罗卜藏丹津投奔准噶尔首领策妄阿拉布坦。岳钟琪班师回朝。
此后，青海归入清朝版图，西宁卫改为西宁府，青海地区的蒙古族分为29旗，各设扎萨克（意为一旗之长）治理。
两平金川指乾隆十二年（1747）与三十六年（1771）先后派兵平定大小金川叛乱。
金川是指大渡河上游两条支流，一叫大金川，一名小金川，都因临河的山上有金矿而得名。这里崇山峻岭，气候恶劣，民俗尚武。
大金川头目莎罗奔因雍正元年随岳钟琪进藏平叛有功，授金川安抚司，势力逐渐加大，图谋地方霸权，攻掠临近土司。他想吞并小金川，首先通过婚姻关系，把侄女阿扣嫁给小金川土司泽旺。泽旺之弟良吉尔与阿扣私通。乾隆十年，良吉尔勾结莎罗奔，袭取小金川，诱执泽旺，夺走印信，阿扣改配良吉尔。乾隆十二年莎罗奔又进攻革布什咱与明正两土司，四川巡抚纪山派副将张兴、游击陈礼镇压，反为所败，十二月两将丧师身陨。这年六月乾隆帝派云贵总督张广泗为川陕总督，统兵3万，进攻莎罗奔的3千兵马。
金川番兵筑碉，层层设防。石碉用石头砌成，有20至50米高，四周有小孔，可以放枪。张广泗初战告捷，但后来为石碉所阻，寸步难行。第二年乾隆又命大学士讷亲为经略并起用岳钟琪为提督助战。讷亲刚愎自用，一开始就限3日拿下莎罗奔侄子据守的噶尔厓，结果总兵任举、参将买国良战死。无奈的讷亲将兵权交给张广泗。由于莎罗奔有间谍良尔吉、阿扣，军机尽泄，战不利。张广泗与讷亲又不相协，各持己见。十三年九月，张广泗、讷亲被召回京城，十二月诛张广泗，十四年正月杀讷亲。
金川战争已经两年，军费耗去近2000万两，而无寸尺之功。乾隆不死心，十三年九月乾隆派大学士、军机大臣傅恒以经略兼四川总督统兵35000再战。他到军营立即将良尔吉、阿扣与另一名间谍杀死。他与岳钟琪决定集中优势兵力分两路进攻。当时军机处亟需人，乾隆又不愿以巨大损失来换取一个小地方的成功，遂令傅恒于十四年四月回京。傅恒以金川旦夕可下，要求继续打下去，乾隆不同意。由于大金川经过两年战争，兵力削弱，莎罗奔也不想打。十四年正月二十八日，岳钟琪赴莎罗奔老巢勒乌围招降，莎罗奔投降。