明太祖朱元璋已经英雄迟暮，他对自己给皇太孙朱允炆留下的这种一王独尊、群王拱翼的局面深感不安。为了让皇太孙顺利登基，临终之际，朱元璋曾做过一番考虑周详的安排。但是，皇位顺利交接并不代表一切太平，果然不久燕王就发动了靖难之役。方孝孺卷进了这场政治斗争。
建文朝一展才华。朱元璋死后，年仅二十二岁的皇太孙朱允炆按照朱元璋生前的安排顺利登上皇位，成为大明王朝的第二位皇帝。他很早就听说方孝孺的贤名，便一纸诏书将方孝孺召入京来。方孝孺多年的等待终成正果，终于等来了他人生中最辉煌的时刻。
此时的方孝孺豪情万丈，踌躇满志。他无论如何也想不到，此次进京，自己昼夜水陆兼程所赶的竟是一条不归路。四年后，方孝孺结局的惨烈超乎常人的想像。要是早知如此，方孝孺就一直安安静静地在汉中府学讲学，传道授业解惑是不是更好呢？更退一步讲，方孝孺不踏入仕途，在宁海故里继续他悠然自得的闲居生活，著书立说，是否也是一种不错的选择呢？人生没有回头路，即使有，相信方孝孺也还会原路走来。他的理想、他的抱负、他的信念都让他无法选择，只是最后杀身成仁的表现形式过于让人触目惊心罢了。
方孝孺到京后被授为翰林侍讲，次年迁侍讲学士，虽然品级并不高，但是他已成为建文帝的近臣。无论是讨论国家大事，还是为建文帝读书释疑，他都是建文帝身边不可缺少的人之一。方孝孺的才学终于有了用武之地，修《太祖实录》、《类要》等书，他都被任命为总裁。皇帝的信任和尊重，让方孝孺心怀感激，他忠心辅佐年轻的新皇帝推行仁政。建文帝自幼生长于宫廷，受到传统儒家教育，在如何治理国家的问题上，他与太祖朱元璋持不同见解，首先就是改变朱元璋事必躬亲的做法，适当地放权给大臣们，而且他还注意听从大臣们的意见，朝中上下由此形成一种比较宽松的氛围。建文帝以仁义礼治为主要指导思想所采取的一系列变革，后来被史家称为“建文新政”。
建文新政中最重要的内容就是宽刑狱。建文帝推行“宽仁”之政，而方孝孺提出的“以德为主，以法辅之”的德治思想与建文帝的执政原则不谋而合。在方孝孺的参与下，建文帝平反了一大批冤假错案。建文帝宽刑狱取得最直接的成果就是全国的囚犯人数比往年减少了三分之二。
裁并州县，精简机构，更定官制，这也是建文新政的一个内容，而且历时比较长，直到建文四年（1402）还在持续。建文帝在经济方面也有所举措，一是减轻江浙地区的沉重赋税，二是准备推行井田制。方孝孺认为实行井田制可以抑制土地兼并，有利于社会的稳定。但是限于条件，井田制最后并没有真正实行。建文新政实行几年之后，取得了很好的成效，社会风气明显好转，而且赢得了民心，年轻的皇帝得到了百姓们的支持。
建文新政中还有一个主要内容，就是削藩。各地诸王拥兵自重的局面，让建文帝深感不安。方孝孺虽然不是削藩的主事者，但他也是削藩的有力支持者之一。
方孝孺在建文朝得到了前所未有的重用和恩宠，尽力辅佐建文帝将自己仁义治国的理念付诸实施。仁义治国，这是方孝孺平生的愿望。如果愿望成为现实，这对他来讲也是莫大的荣耀。对比洪武年间的遭遇，同是朱姓天下、大明王朝，为什么方孝孺的人生会发生这么大的变化呢？
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两朝际遇（2）
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这要从明初特定的政治环境和社会环境谈起。朱元璋经过前期的统一战争，大明江山已经稳固，但是统治集团内部的矛盾却逐渐显现出来。朱元璋当了皇帝，最早跟他南征北战打天下的将领也大多高官得做，骏马得骑。这些人中的淮西勋贵逐渐成为一个庞大的势力集团，他们掌握着军政大权，并极力排挤其他大臣，维护自己的政治垄断地位。这种“君弱臣强”的局面是皇帝朱元璋决不允许的。他遵循以猛治国、重典驭下的政治方针，为强化皇权采取了一系列的严厉措施，凡是妨碍皇权专制统治的人物一概铲除。朱元璋以胡、蓝党案为切入点，几乎诛杀了全部的开国功臣。方孝孺倡导的是“以仁义治国”，他的理论和观点与洪武朝血雨腥风的政治环境、朱元璋“治乱世，用重典”的思想完全格格不入。虽然朱元璋对他的才学和人品比较赞赏，认为他是个很出色的人才，但是朱元璋作为一个杰出的统治者，他深知才非所用，不如不用。他所说的“今天不是用方孝孺的时候”，就是精当地指出了方孝孺为何不被起用的原因。
有的饱学之士一生都没有等到施展才华的机会，和他们相比，方孝孺无疑是幸运的。一朝天子一朝臣，等到建文帝登上皇位，方孝孺不但被起用，还得到了重用。此时的大明王朝经过朱元璋三十多年励精图治的治理，朱姓江山已经相当巩固，皇权已经高度集中到了皇帝的手中。朱元璋认为自己已经给皇太孙朱允炆扫平了一切障碍，虽然存在各藩王尾大不掉的隐患，但是表面上还是个太平盛世。更何况建文帝自幼接受了正统的儒家教育，奉行仁义治国的理念与方孝孺如出一辙。君臣二人关于崇尚礼治、实行仁政的观点更是完全一致。此时无论是从政治环境来讲，还是从统治者自身来看，都给方孝孺提供了一个展示才华的绝好舞台。所以，在建文朝，方孝孺能够得到重用也就不足为奇了。
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十族惨剧（1）
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建文帝、方孝孺等人奉行儒家仁义治国的理论，推行一系列的改革，很得民心。但是他们缺乏政治斗争的经验，无法妥善应付来自燕王朱棣的威胁。长达四年之久的战争将建文帝和方孝孺等人逐渐推向了绝境。朝廷中能够带兵打仗的武将，在洪武朝已几乎被朱元璋赶尽杀绝。现在，上至文弱的建文帝，下至满腹诗书的方孝孺等人，面对来势汹汹的燕王朱棣却都束手无策。朱元璋为了能让子孙后代永享太平，将久经沙场的元勋宿将几乎斩杀殆尽，却没有想到，后世子孙的皇位将由谁来保卫呢？看来无论多么英雄伟大的人物都有失算的时候。当危险真正来临时，只剩皇帝一个孤家寡人和一群文人墨客坐以待毙。
建文三年（1401）五月，前线战事节节失利，让方孝孺忧心如焚。这时，他的学生林嘉猷献上离间计。朝廷正无计可施，建文帝就同意了这种做法，命方孝孺给燕王世子朱高炽修书一封，企图离间他和朱棣之间的关系。没想到朱高炽生性谨慎，收到书信，根本就不启封，就连人带信都交给了燕王。离间计失败了，举朝上下更是一筹莫展，朝廷的失败只是早晚的事了。方孝孺此时的心境正如他在《闻鹃》这首诗中所写的一样悲凉：
不如归去，不如归去。
一声动我愁，二声伤我虑；
三声思逐白云飞，四声梦绕荆花树；
五声落月照疏棂，想见当年弄机杼；
六声泣血溅花枝，恐污阶前兰茁紫；
七八九声不忍闻，起坐无言泪如雨。
忆昔在家未远游，每听鹃声无点愁。
今日身在金陵土，始信鹃声能白头。
大势将去的悲哀深深地笼罩在方孝孺的心头。一样的鹃声，不一样的心境，“物是人非”的感伤在字里行间流露出来。
建文四年六月，这场叔侄争夺皇位的大战以燕王朱棣的胜利而结束。建文帝不知所终，朱棣登上皇位，是为明成祖，年号永乐。建文朝的遗臣们面对旧君新主，也都做了不同的选择。有的自杀殉难，有的投身新主，还有一些大臣退隐山林，从此销声匿迹……方孝孺既没有自杀，也没有投靠新主，更没有退隐，而是走向了另一个奇特的结局。
朱棣篡位后，首先要做的事情，就是对那些曾经反对他的人进行疯狂的报复，无所不用其极。朱棣从他父亲朱元璋那里继承的除了雄心壮志、文韬武略外，还有残暴和苛刻。他对建文朝不肯与自己合作的大臣们进行了一次大清洗，掀起的血雨腥风就像一大片乌云漂浮在历史的天空中，久久不散。建文帝的主要谋士黄子澄和齐泰都被“族诛”。朱棣对抵抗最为坚决的铁铉恨之入骨，命人割下了他的耳鼻，又砍碎他的身体，将其杀死。更令人切齿的是，朱棣还将这些建文忠臣的妻女发往教坊司，充为官妓，任人凌辱。不过，比起方孝孺的遭遇来，这些忠臣还不是最惨的，方孝孺被诛了十族，最为惨烈。
当年朱棣挥师南下的时候，他最依赖的谋士姚广孝送他到郊外，跪地向他请求：“方孝孺是个才学出众的人，当我们取得胜利的时候，他肯定不会降服于您，但请您不要杀他。杀了他，那么天下的读书种子就没有了！”朱棣点头同意了他的请求。后来朱棣进入南京城的当天，方孝孺就被捕下狱。朱棣即位时要拟即位诏书，朱棣想到了让方孝孺写，来装点门面。朱棣便召方孝孺上殿草拟即位诏书，然而此事的发展却超出了所有人的预料。
方孝孺不但没有理会朱棣，反而存心要为建文帝鸣不平。他身穿孝服，在大殿上痛哭不止。朱棣见他这样，就走下宝座，劝他说：“先生不要自己苦自己。我只是效法周公辅佐成王而已。”方孝孺问：“那成王在哪里？”