即使这样来给各阿米巴定价，仍然会发生阿米巴之间的对立和争执。例如，假设最初各阿米巴之间很公平地决定了价格，但过了两个月，由于市场竞争的变化，最终价格降了一成。
这种情况下，如果各道工序都能降价一成，那当然最好。但是，其中有的工序阿米巴可能会说：“这个产品我们以前就亏损，以前我们就一直要求调整价格，现在又要一齐降价一成，我们的亏损额将更大，生产这种产品已没有意义。所以，这个订单我们不要了。”这样的话，一起降价一成就行不通，阿米巴之间就会开始吵架。
还有，销售和生产之间也会产生对立。在生产制造厂家，生产和销售之间大都采用“买断卖断”的交易方式。销售部门从生产部门购买产品，然后负全责卖给客户。这时，销售要尽可能从生产低价购进，然后尽可能高价出售给客户，以便多盈利，就像商社一样。这中间可以凭才能品尝到做生意的美味。
但是，像京瓷这种向客户直销的生产厂家，如果也搞“买断卖断”，销售部门就会想尽可能低价购进，而生产部门就会想尽可能高价卖出。销售部门和生产部门之间就会发生激烈的利害对立，公司整体就可能疲软无力。
因此，为了避免销售部门和生产部门之间的对立，当时，在国内的销售部门，只要拿到订单、有销售，就可以自动获得10%的手续费，就是采取所谓佣金制度。采取这种形式，销售部门虽然不能光凭自己的才能赚钱了，但得到的补偿却是只要有销售额，就能获得10%的手续费。这样，因“买断卖断”而争吵的现象消失了。
但采用这种形式，不管产品价格如何下跌，销售部门都能获得10%的佣金，所以销售部门往往很轻率地接受客户的降价要求。而对于生产制造部门而言，成本要压缩10%谈何容易，弄不好就会亏损。这样，生产与销售之间又产生利害对立，吵架的事又不断发生。
另外，海外的当地法人与日本的总公司之间也会产生对立。特别是发生质量投诉和交货期问题时，在美国的销售部门与日本国内的生产部门很快就会吵起架来。美国的销售部门认为自己的业绩不佳是因为日本的生产部门有问题，因而大为光火。当时联系手段依靠电传，抗议的电文接二连三传到日本。
本来，当发生客户投诉、有可能失去客户信任的时候，在日本的生产部门和在美国的销售部门更应该团结一致，努力克服这种危机。然而，实际上恰恰相反，碰到危机反而出现内讧，而且这种不和、内斗还辗转传到客户那里。
在美国的销售人员因交货不及时多次受到客户训斥时，他们就会在客户面前毫无顾忌地说：“这都是因为京瓷的日本生产部门不负责任。我已多次向生产部门发去了电传，他们一点也不守信用。”
为了自己个人的面子，销售人员居然在客户面前谴责自己公司的生产部门。这样做，京瓷公司整体就会丧失信用，可能再也得不到这些客户的订单。明知会产生这样的后果，仅仅为了自己一时的颜面，销售人员竟然会说这种话。
这种对立，都是为了保护自己的“利己主义”产生的结果。在“阿米巴经营”中，因为把公司分成了许多小组织，分别独立核算、独立经营，要让自己的部门尽可能多盈利，这种意识很容易强烈起来，因而引发部门间的争执，破坏公司整体的协调和谐。
按理说，各个部门在拼命努力维护和发展自己本部门的同时，也必须竭尽全力做到让公司整体利益最大化，就是所谓个体与整体的平衡协调。但现实往往做不到，往往实现了个体的利益，却损害了整体的利益。
阿米巴长需要哲学
要解决这样的矛盾，就需要在追求个体利益的同时，能够超越彼此所处立场的不同，能够在更高层次上进行判断的正确而坚定的“哲学”。就是说，各位阿米巴长不仅是各自部门的利益代表，也是京瓷公司整体利益的代表，必须具备这种高层次的哲学。
这里所说的高层次的哲学，在京瓷公司，就是刚才介绍过的“实现全体员工物质和精神两方面的幸福”这一经营理念。正因为具备了这种全体员工能够共有的理念，员工就不会只考虑本部门的利益，而是为了实现伙伴们的幸福，优先考虑公司的整体利益。
另外，还需要作为人的带普遍性的价值观，就是正确而坚定的思维方式。在京瓷我总是利用各种场合，反复给大家讲述作为人应有的基本的思维方式。在京瓷，这被称为哲学。这种哲学用公平、公正、正义、勇气、诚实、忍耐、努力、亲切、谦虚和博爱等朴实的语言表述。是父母亲、老师教导的做人的基本的道德项目，也就是针对“作为人，何谓正确”这一命题的解答。
这种普遍正确的哲学如果能在企业内部为大家所共有，那么阿米巴长就会排斥“只要自己好就行”的恶的念头，就会立足于善的思考：为了公司的整体利益，我必须干些什么？
推行“阿米巴经营”的领导人必须具备高层次的哲学还有一个理由，就是能够成为领导人的人，往往本来就是那些利己的、自我主张强烈的人。
正因为是往往会干些坏事的人，更需要具备普遍正确的哲学，用以抑制自己的行为。就是说，必须掌握用以律己的高层次的哲学，尽力抑制任性的、专断的行动，才能使“阿米巴经营”正常地发挥它的功能。
因此，我经常强调，领导人必须具备高层次的哲学，必须具备高尚的人格，必须是人格完善的人。在“阿米巴经营”中充当领导的人，必须是整个人格都非常优秀的人，只有这样的领导人才能保证企业的永续的发展。