在京瓷的“阿米巴经营”的运用中，这种哲学的渗透反映最为典型的就是薪酬制度。
在京瓷，即使某个阿米巴取得了非常突出的业绩，也不会因此大涨工资或给予很多奖金。当然，工作业绩获得长期的好评，会在涨薪、升职方面得到体现，但不会仅仅因为该阿米巴盈利多，就马上大幅涨工资、发奖金。不采用这种报酬制度。
如果阿米巴的业绩直接与个人的收入挂钩，那么员工就会为短期的业绩忽喜忽忧。同时，因为不满和嫉妒，会使公司内部的人际关系变得一团糟。所以，在京瓷，如果某个阿米巴取得了优异的业绩，就是对整个公司做出了很大的贡献，就能得到来自其他阿米巴伙伴的赞赏和感谢。
这样的话说给公司外的人听，他们往往不理解，觉得不可思议：“这么做真的行得通吗？”但在京瓷，刚才已谈到，在全体员工都能接受并引起共鸣的经营理念之下，“贯彻做人的正确准则”这种哲学彻底渗透，全公司大家共有。
就是这样，不是用金钱来操纵人心，因对公司做出了贡献而受到大家的赞赏，这才是最高的荣誉。这样的观念已经成为京瓷领导人和全体员工共同的思想。因此，阿米巴经营是以崇高的哲学为基础的经营体制，这样说一点也不过分。
大多数欧美企业的经营都依据绩效主义。绩效主义是直截了当地刺激人物质欲望的办法。根据工作成果给予相应的报酬，甚至决定是否雇用。这是一种冷冰冰的理性，是缺乏人性的做法。这种方法或许一时能刺激人的干劲，但要长期持续地激发人内在的积极性是很困难的。
与此相反，“阿米巴经营”是以经营者与员工、员工与员工之间的信赖关系为基础的全员参与经营，是一种珍视人心的经营体制。“阿米巴经营”因为是全体员工参与经营，所以包括生产现场的作业人员在内的所有员工都朝着自己设定的目标自发地努力工作。
世上有不少经营者认为劳动者只要劳动就行，因此制定严酷的定额强制他们工作，或者以高额的成功报酬作为诱饵，刺激人的欲望，借以达到提高公司业绩的目的。与此相反，所谓“阿米巴经营”，就是在现场工作的每位员工都带着“自己也是经营者”的意识，在感受到劳动的喜悦的同时自发地努力工作，这样来提高公司业绩的一种经营体制。
这么说来，“阿米巴经营”是以哲学为支柱的“尊重人性的经营”，是把“体贴人的经营”变为现实可行的经营体制。再进一步说，让员工感受到自己参与计划、自己亲自经营的喜悦，尊重每个人的劳动价值，这样的经营才是“阿米巴经营”。