美国南加州大学管理学教授L.E.葛蕾纳在《组织成长中的演变与变革》一书中曾提出：“组织在某一阶段的最佳管理实践将会带来另一阶段的管理危机。”组织是有生命的，是生命就有消亡，而消亡的前奏是衰老和疲劳。组织在早期也许生机勃勃，但随着企业形态发生变化，过去的经验就不可能应用在现在的挑战上，原有的组织也会变得辉煌不再、百病缠身，不重塑不足以向前。
职能式组织架构在腾讯早期曾发挥了不可估量的作用，但到了2005年左右，这一组织架构的弊端越来越明显。
组织的新危机
在2004年上市前，腾讯的业务部门已经扩充到了30多个，员工规模也激增到2500人，已经初具中型公司的雏形。当时，腾讯的人力资源管理部门就有一个担忧，那就是在未来，腾讯的员工规模还将进一步加大，公司业务线也将全面开花，如何对庞大的人员和业务线进行更好的管理，如何缩小运营成本的不断攀升，如何更好地实施“在线生活”的战略主张？这必定是几个无法回避的问题。
与此同时，腾讯前线的项目正在变得越来越多，总办不得不将项目分派到各个职能部门，而有限的职能部门显然无法应对，研发挤成一团，团队中的成员又普遍将项目视为额外的工作，没有原先那种激情。如此一来，项目的进度和质量都产生了较大的影响。
刘炽平曾经回忆说：“我那时粗略计算了一下，全公司比较重要的产品线就超过了60个，每家都对技术有适时性的要求，递交到R线之后，几乎无法安排，这已经影响到了正常的运转。”
更糟糕的是，互联网的快速迭代，使不少的新项目需要各个职能部门相互协调。例如QQ秀，它需要直接面对用户，寻找到用户喜欢的款式，在此基础上进行研发，并且需要市场团队想办法提高此类虚拟商品的销售业绩。如果市场团队找到更好的点，反过来又需要研发团队迅速对产品进行改良。
也就是说，QQ秀需要腾讯R线和M线两大业务主线密切配合，但职能式组织架构的最大缺点就是各个业务部门太过独立，互相之间配合度不高，原先那种总办会议制度也只能针对一些大的方向和决策问题，对于细微的变化根本不可能做出协调，而且总办成员也不可能老是将时间浪费在开会及协调上。
虽然后来腾讯的管理团队找到了办法，在QQ秀上打通了R线和M线的壁垒，实行了产品经理制。但腾讯的高管又看到了更多的业务机会，即将要展开的新闻门户、网游和搜索领域，也无一不是需要研发、内容和市场密切配合的，腾讯又该如何应对？
越来越多元化的腾讯也在冲击着马化腾的管理思路，毕竟他不可能亲自管理每一块业务，没有精力也不够专业。显然，腾讯必须操刀对组织架构进行重塑，新的组织架构不仅能够应对目前的困境，而且能够在未来很长一段时间适应这种业务和人员的快速增加以及新战略的需求。而这次的变革，也必定会比2002年那一次来得更为凶猛和剧烈。
深腾人字38号
2005年10月24日，腾讯下发了最新的“深腾人字38号”文件，宣布组织重塑计划正式开启。在这次的组织架构调整中，腾讯整个业务框架被划分为8个序列，分别由5个业务部门和3个服务支持部门组成。
其中，5个业务部门分别为：
B0：企业发展系统，由首席战略投资官刘炽平兼管，下辖国际业务部、电子商务部、战略发展部、投资并购部，主管战略、投资、并购和在线支付的财付通等相关业务。
B1：无线业务系统，由刘成敏负责，下辖无线产品部、移动通信部、电信事业部和各地办事机构，主管与电信运营商相关的各项业务，例如手机QQ、手机QQ浏览器、QQ通讯录、超级QQ、手机腾讯网等。
B2：互联网业务系统，由吴宵光负责，下辖互联网研发部、社区产品部和新成立的数字音乐部，主管QQ相关的各项业务，例如QQ空间、QQ音乐、朋友网等。
B3：互动娱乐业务系统，由任宇昕负责，下辖互娱研发部、互娱运营部、渠道营销部，主管网络游戏的各项业务，例如QQ游戏。
B4：网络媒体业务系统，由首席信息官许晨晔兼管，下辖网站部、广告销售部、搜索产品中心，主管门户网站的各项业务，例如腾讯网、腾讯视频、腾讯智慧，后来发展起来的腾讯微博业务也属于这个系统。
3个服务支持部门则分别是：
O线：运营支持系统，由李海翔负责，下辖运营支持部、系统架构部、安全中心、管理工程部、研发管理部和客服部，主管服务器、数据库及安全相关的各项业务，腾讯也将其看成是未来腾讯云数据处理平台的核心部门。
R线：平台研发系统，由首席技术官张志东兼管，下辖即时通信产品部、深圳研发中心、广州研发中心，这个系统包括平台研发和搜索业务两条主线，前者负责QQ、Q+和QQ邮箱，后者负责腾讯搜搜。
S线：职能系统，由首席行政官陈一丹兼管，下辖行政、人事、财务、法律、投资者关系、内审、公关及董事会办公室等，主管行政、财会、人力资源相关的各项业务。
在各系统的负责人中，刘成敏、吴宵光、任宇昕和李海翔等人被提拔为了行政副总裁（EVP），加上兼管的刘炽平、张志东等人，大家各管一个部门。马化腾将权力下放给了各个业务系统负责人之后，有了更多的时间专心进行产品规划以及腾讯长远规划等方面的工作。
从职能式到以产品为导向的业务系统式组织架构
这是一次全方位的“手术”，甚至可以说是一场“地震式”的变革。组织架构重塑以后，有权力的人变得没有权力了，或者是以前权力大的人变得权力小了，不受制约的权力变得有约束了，从上面的组织结构图中，我们很清晰地看见其中没有了曾李青的影子，腾讯的其他几名创始人也和新晋高管“平分秋色”。事实上，在新晋高管越来越得到认可之时，企业必然要进行秩序重塑的阶段。此时，扳掉原先的“英雄”就成了必由之路。
腾讯需要变革，那就得让人服膺于变革，而非向人妥协。好在，马化腾有着高明的平衡术，腾讯的组织架构重塑并没有引起大“地震”，新晋高管也以他们的能力和方法赢得了创始人的一致认可。大家把目标都放在将腾讯做大做强上，腾讯没有采取运动式的权谋手段，一切放在桌面上来解决，为的就是让大家打心底里服。
这是一次由职能式组织架构向以产品为导向的业务系统组织架构的转变，腾讯不仅有了横向的业务分工，也有了纵向的决策分工，并且站在战略的角度进行了布局。
从横向上看，各个业务系统各有分工，其中B1和B2是腾讯的主要收入部门，占当时业务收入的八成左右。B3以网络游戏为主，虽然当时腾讯还没有真正找到游戏业务的爆发点，但腾讯高层一致认为游戏业务的前景非常可观，因此将其整体拔高，从后面的发展来看，这无疑是一个极为精明的决策。B4的新闻门户也是一样，虽然其在当时不起眼，但它在腾讯战略上的重要性却极强，因此也将其独立成军。
此外，马化腾还将电子商务和搜索看成是未来的重要部门，但那时还不到独立成军的地步，他只是将这两个领域暂时放在了B0和B4业务部门之下，希望发展起来以后，再将其分离出来。
从纵向上看，腾讯新的组织架构分为三层，系统—部—组，三层之间有“线”和“中心”两层选设情况。各事业群的EVP被授予了更多的权利，他们就相当于是这个事业群的CEO，不再需要总办插手具体事务，但是总办仍会关注流量的变化，并针对各事业群的流量基础来统筹配置。也就是说，腾讯的命脉仍然掌握在总办的手上。
腾讯形成了一种“大权分散，小权独揽”的组织形式。腾讯希望借此让组织结构尽量扁平化，保持自己一贯以来决策效率高、响应环境变化快的特点。
谈及这次组织架构调整后的管理理念，马化腾在一次腾讯内部高管会议上说：“未来5年，腾讯最大的挑战就是执行力。市场怎么样，大家都看得见，但不一定都拿得住。通过完整的指标体系和组织结构保证压力的传导，通过严格的考核和末位淘汰制留住好的人才，而所有这些，能把腾讯打造成一个不依赖个人精英，而是依靠体制化动力的成熟体系。”
对于腾讯而言，这是一次有着标志性意义的组织架构调整，它意味着腾讯踏上了一条多元化的征途，在它所能想到的每一个细分领域都蓄势待发。
最终这次调整也成功帮助腾讯形成了一套非常坚固的产品体系，也在之后几年，让腾讯超预期地实现了自己的战略目标。原本，腾讯进行组织架构调整后，是希望在五年后营收达到100亿元，而实际上截至2011年，腾讯的营收已经达到285亿元，净利润达100亿元，融入全球20亿人的日常生活中。