洪堡所见的歌德性情沉静，略微发胖，有双下巴和肚腩——有人不客气地将之比作“到了孕晚期的妇人”。他的相貌也已不复当年“太阳神阿波罗”般的英俊，双眼眯缝到了“鼓胀的双颊”里。歌德仍然是萨克森－魏玛公爵的心腹和顾问，并被后者册封为贵族（因此他的姓名被写作约翰·沃尔夫冈·“冯”·歌德）。他指导宫廷剧团，同时身兼若干个待遇优厚的职位，包括总管公爵领地中的矿山和手工业生产。和洪堡一样，他对地质学（以及矿业）兴趣浓厚，甚至曾经让自己的儿子穿着矿工的工作服出席某些特定的场合。
歌德冠绝群才，已经成为德国知识界中天神宙斯一样的人物，但却“冷漠，惜字如金”。有人形容他看上去十分忧郁，有人说他傲慢、尖刻。如果谈话无法引起他的兴趣，他就会失去倾听的耐心，或突然转换话题。他对待年轻诗人和学者尤其粗鲁，常常逼得他们不得不灰溜溜地离开。但无论如何，崇拜者仍然蜂拥而至：一位英国来客曾说，在荷马、塞万提斯和莎士比亚之后，“诗歌的神圣之火”终于传递到了歌德手中。
歌德在魏玛的大宅
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但歌德并不幸福：“那时，没有人比我更孤立了。”比起人类，他更着迷于自然——这位“伟大的母亲”。他位于魏玛城中心的大宅反映了主人的品位和社会地位：室内装潢优雅，陈列着画作、意大利雕塑，以及大量的岩石、化石与植物标本。宅子背后的一系列朴素的小房间都是书房和图书馆，俯瞰着歌德自行设计的、有科学研究用途的花园；花园一角的小楼则存放着数量庞大的地质标本。
歌德最喜欢的地方是位于老城墙外公爵领地上的一处花园别墅，那里毗邻伊尔姆河。从他城里的大宅出发，步行 10 分钟即可到达这间舒适的小屋——歌德刚到魏玛时的住所。现在，他在此躲避络绎不绝的访客，自在地写作、打理园圃、接待最亲密的友人。葡萄藤和忍冬爬满了墙与窗棂，园子里有菜地，草坪上有果树，一条长长的步道两边种满了歌德最喜爱的蜀葵。1776 年他初到这里时，就亲手栽种了花园中的很多植物，还说服公爵将城堡中原有的旧式巴洛克花园改造成时髦的英式景观园林，其中错落有致的树林给人一种身处大自然之中的风味。
歌德有些“厌倦了世间的纷争”。1789 年法国大革命最初的理想主义迅速被其后雅各宾专政②下的残酷现实取代，成千上万的“革命敌人”被处决。如此暴行，连同之后拿破仑战争给欧洲带来的劫难，都让歌德感到失望，同时陷入“深深的忧郁”之中。当各国军队在欧洲战场上厮杀，他时刻都在担心德国可能面临的威胁。他深居简出，像个隐士，唯有科学研究能让他专注其中。科学对他来说就像是“沉船后抓住的一块木板”。
今天，歌德以其文学作品闻名于世，但少有人知道，他对科学也曾全情投入，尤其着迷于地球的形成问题与植物学。他的岩石样本收藏最终超过了 18 000 件。欧洲的战火不断蔓延，他则静静地钻研比较解剖学与光学。洪堡初次到访那年，歌德刚刚在耶拿大学创建了一个植物园，之前还撰写了题为《植物之变形》（Metamorphosis of Plants）的论文。他在文中提出了这样一个观点：多姿多彩的植物世界实际上共享一种“原型”（Urform），或原始的形式；每一种不同的植物都是这一“原型”的一种变体。多样性的背后存在着统一性。歌德认为，叶片是最基本的“原型”，由它衍生出其他器官，如花瓣、花萼等。他写道：“植物的里里外外都由叶片组成。”
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这些想法令人兴奋，但歌德缺少一个旗鼓相当的谈话对象来进一步推演他的理论。洪堡的到来改变了一切，他们的思想碰撞出了久违的火花。有洪堡在场，歌德的思维变得更加活跃：他翻出旧时的笔记、书籍和素描，将各种纸张成堆地摞在书桌上。他们讨论动物学和植物学理论，时而埋头写写画画，时而大声朗读。歌德对分类学不感兴趣，但着迷于形塑生物体的力。他将内在的力（生物体的“原型”）与外在的力（影响生物本身的环境）区分开来。例如一头海豹，它有适应海洋生境（外在的力）的身体，但与此同时，它的骨骼呈现出与陆地上的哺乳动物相同的样式（内在的力）。歌德认识到，植物和动物都与其生境相适应，这一点与法国自然学家让-巴蒂斯特·拉马克③和后来的查尔斯·达尔文的看法类似。他写道，“原型”出现在所有生命体的不同发育阶段，甚至也能在动物与人类之间找到共性。
洪堡听着歌德兴奋地讲述自己的想法，建议他将自己的理论写成一篇比较解剖学的文章发表。于是歌德开始狂热地工作，每天清晨花几小时在卧室里向助手口述。为了抵御寒冷，他半靠在床头，裹着毯子，头脑飞速运转——这是多年未曾出现过的情形了。没过多久就到了上午十时，洪堡准时到访，然后继续讨论。
从这些日子起，歌德散步的时候会同时摆动两条胳膊，引得邻居纷纷注目。在众人的询问下，他终于解释道，这是因为他发现夸张地摆动手臂是从四足动物继承来的遗存，也就是人与动物有共同祖先的明证。他说：“我这样走路更自然。”毫不在乎魏玛上流社会评价他的怪样子太粗野。