歌德相信艺术与科学结合的力量。他对科学重燃的热情并未如席勒所预言的那样让他疏远艺术。他认为太久以来，科学与诗歌都被认为是“莫大的仇敌”，而他要做的是将两者融为一体。在他最著名的剧作《浮士德》中，不安于现状的学者海因里希·浮士德与魔鬼梅菲斯特达成了一项交易，以换取无限的知识。《浮士德》的第一部和第二部依次于 1808 年和 1832 年问世，而歌德集中创作此剧的时间往往和洪堡来访的时间重合。和洪堡一样，浮士德被寻求知识的不间断冲动所困扰，他在第一幕中称自己为一种“胸中的簸荡”⑥所苦。歌德写作《浮士德》时曾经这样描述洪堡：“我不知道还有谁能够同时拥有极为专注的行动力与广收博取的头脑”——这些话也可以用来描述他笔下的浮士德。浮士德与洪堡都相信，狂热的工作与探求欲能够带来对事物的理解，他们也都从自然界中获得力量，并且相信自然的统一。像洪堡一样，浮士德试图发现“大自然的力量”。同样在第一幕中，浮士德这样描述自己的野心：“使我洞悉整个宇宙，那最内在最微妙的机构”——完全如同出自洪堡之口。早在 1808 年此剧最初发表时，很多人就注意到，歌德在塑造浮士德的时候，加进了不少洪堡的形象；又毋宁说，洪堡的性格有几分像浮士德。⑦
歌德将艺术与科学融合在一起的努力还不止于此：他曾将自己关于植物“原型”的论文转写为一首题为《植物变形记》（Metamorphosis of Plants）的诗歌；而关于婚姻与恋情的小说《亲和力》（Elective Affinities）的书名，同时也是当时的一个科学术语——形容不同化学元素之间结合的难易程度。因为促进化合物之间结合的“亲和力”是自然固有的，这同时也给讨论有机物生命本质的学者们提供了一种重要的理论。例如法国科学家皮埃尔－西蒙·拉普拉斯（Pierre-Simon Laplace，他也是洪堡非常崇拜的一位人物）曾说过：“所有化合反应都是物质间的相互吸引力造成的结果。”拉普拉斯认为，这就是解开宇宙形成之谜的关键。歌德在小说中用化学键的性质来比喻人与人之间的关系，以及四位主人公之间变化无常的情感，这就相当于将化学研究转写成了文学作品。自然、科学与想象力愈走愈近。
正如浮士德所言，我们不能仅靠观察、仪器与实验从大自然那里“夺取”知识：
“在光天化日中充满了玄奥，
大自然并不让人揭开她的面幕，
而她所不愿泄露给你的秘窃，
你决不能用螺丝钉和杠杆强夺。”
洪堡相信，歌德在其剧作、小说与诗歌中对自然的描写，与最优秀科学家的发现同样真实可信。他将牢记歌德如何鼓励自己将自然与艺术、事实与想象结合起来。这种对主观性的重新强调，让洪堡将先前莱布尼茨、笛卡尔和牛顿等人推崇的机械宇宙观和浪漫主义诗学相连通。洪堡让我们能够理解历史上两种看似矛盾的观念之间的联系：一种是牛顿在《光学》中写到的，彩虹是光通过雨滴折射形成的现象；另一种则是浪漫主义诗人约翰·济慈（John Keats）所发出的批评，牛顿“毁尽了彩虹的诗意，说它不过是一块棱镜”。
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日后回忆起在耶拿的时光，洪堡都称其“对自己的影响至为深远”。与歌德的交游赋予了他观看与理解自然世界的“全新感官”，而他也将带着这样的感知力踏上去往南美洲的旅程。
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① Sturm und Drang，指 18 世纪 60 年代至 80 年代早期德国文学和音乐创作领域的变革，是从古典主义向浪漫主义过渡的阶段。
② 指 1793 年 9 月至 1794 年 7 月，法国大革命期间由罗伯斯庇尔领导的雅各宾派统治法国的暴力时期。
③ Jean-Baptiste Lamarck（1744—1829），法国博物学家，提出了以用进废退与获得性遗传为法则的拉马克学说。
④ 意大利物理学家亚历山德罗·伏打（Alessandro Volta）证明洪堡和伽伐尼是错误的，动物的神经本身并不充满电。洪堡的动物实验中出现的肌肉收缩实际上是通过与金属的接触而引发的。这一发现让伏打在 1800 年发明了最初的电池。——原注
⑤ Aeschylus（前 525—前 456），与索福克勒斯和欧里庇得斯并称为古希腊最伟大的悲剧作家，并被誉为“悲剧之父”。
⑥ 摘自梁宗岱译的《浮士德》，华东师范大学出版社 2016 年版，下同。
⑦ 也有人将洪堡与梅菲斯特联系起来。歌德的侄女说，“洪堡之于她就像梅菲斯特之于纺织女格蕾辛”——这并不是句恭维话，因为浮士德的情人格蕾辛在剧中意识到梅菲斯特的身份是魔鬼，于是转向上帝，离开了浮士德。——原注