1798 年 4 月末，距离母亲去世已经过去一年半，洪堡决定去巴黎探望威廉和卡洛琳娜，他有一年多没有见过哥哥了。况且，既然法国人在战场上节节胜利，那也许应该找他们碰碰运气。在巴黎期间，除了和哥哥一家共处外，洪堡还不停地写信与人联络，软磨硬泡，在笔记本上记满了科学家们的地址；同时，洪堡也继续购买书籍和仪器。“我生活在科学的中心。”他兴奋地写道。周游各地时，他见到了童年偶像，曾于 1768 年率先登上塔希提岛的探险家路易·安托万·德·布干维尔。这位 70 岁高龄的老人仍然壮心未泯，正在准备一次环球航行，目的地是南极。他十分欣赏这位年轻的普鲁士学者，并邀请洪堡同行。
也是在巴黎，洪堡在临时租住的房屋走廊里遇见了年轻的法国科学家艾梅·邦普兰（Aimé Bonpland）。这位肩上挎着破旧植物标本盒的住客，显然也是一位植物学爱好者。他曾受教于法国最顶尖的博物学家，很有才华。洪堡在交谈中很快发现他还擅长比较解剖学，并曾在法国海军担任外科军医。25 岁的邦普兰来自海港城市拉罗谢尔的一个航海世家，从小热爱旅行，身体里流淌着冒险家的血液。二人在走廊里畅谈，一拍即合，并立刻捕捉到彼此共享的对植物与异域旅行的热情。
和洪堡一样，邦普兰向往远方的世界。洪堡发现他找到了一个理想的旅伴：不仅精通植物学与热带风物，并且性情温和、谈吐文雅。邦普兰体格魁梧，遇事沉着，健康而可靠，在很多方面都像是洪堡的反面。洪堡做事风风火火，而邦普兰踏实、温顺。他们将成为绝好的搭档。
行期将近，洪堡在百忙中似乎时时闪过愧对母亲的念头。席勒告诉歌德，有传言说“亚历山大没法摆脱母亲魂灵的纠缠”。显然，她时时刻刻都好像在洪堡身边。他们的一位共同好友向席勒透露，洪堡在巴黎参加某些形迹可疑的由灵媒举行的降神会，试图召唤母亲的鬼魂。几年前，洪堡曾经向一位朋友承认自己“十分怕鬼”，现在情况更严重了。无论如何将自己塑造成一位理性的科学家，他仍然感到母亲在注视着自己的每一步。是时候逃离了。
艾梅·邦普兰
眼前更紧要的问题是，布干维尔把航行的指挥权交给了一位更年轻的船长，尼古拉·博丹（Nicolas Baudin）。虽然洪堡一再收到准许他参与旅行的保证，但整个计划还是由于缺少一部分政府资金支持而中断。洪堡拒绝放弃。时值 1798 年 5 月，他甚至想过赶往土伦港，和另外 200 名学者一起跟随拿破仑出征埃及。但怎么才能到达那里呢？他不得不承认，自己“面临着少见的挑战”。
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洪堡继续寻找合适的船只。他联系上了瑞典驻巴黎的公使，后者答应给他从马赛出发到北非海岸阿尔及尔的许可，他可以从那里经陆路前往埃及。他还向在伦敦的相识约瑟夫·班克斯求助，想给邦普兰办一本护照，以防途中与英国战舰狭路相逢。他做好了应对一切突发事件的准备。洪堡自己的护照是由巴黎的普鲁士大使签发的。除了姓名和年龄，护照上还颇为详细地描述了他的长相，虽然并不一定客观：灰眼睛、大嘴巴、显眼的大鼻子，以及“形状端正的下巴”。洪堡风趣地在旁边批注道：“嘴巴太大、鼻子太肥，但下巴尺寸刚刚好。”
10 月底，洪堡和邦普兰赶到马赛，准备立即出发。然而他们的旅程再次受阻。整整两个月，他们每天爬到山顶的守护圣母院，眺望港口。每次看到地平线上出现一叶白帆，他们的心中就又燃起希望。最终消息传来，他们等待的护卫舰在一次风暴中严重受损。洪堡决意凭一己之力包下一艘船，但很快发现，无论他出多少钱，都没有船愿意在战事正酣之时出海。“所有希望都破灭了。”他在给柏林的老朋友的信中写道。他感到绝望：手上资金充裕，脑袋里装满了最前沿的科学知识，可终究无法出行。他感叹道，战争与政治让一切停滞，“世界封闭了起来”。
终于，在 1798 年底——母亲去世整整两年后——洪堡对法国人丧失了信心，他转而前往马德里碰碰运气。虽然西班牙政府向来不愿让外国人进入他们的海外领地，但洪堡凭着与西班牙廷臣过硬的交情，获得了珍贵的通行证。1799 年 5 月初，西班牙国王卡洛斯四世给他颁发了前往南美洲与菲律宾殖民地的护照，但前提是洪堡需要自己出钱完成航行；另外，洪堡答应向西班牙皇家珍宝阁与御花园发送旅行中收集到的植物与动物。这开了从未有过的先例，很多西班牙人都惊讶于国王居然肯让一个外国人如此自由地进出他们的海外殖民地。
洪堡不会再浪费时间。收到护照 5 天后，洪堡和邦普兰离开马德里，前往西班牙西北角的港口城市拉科鲁尼亚，登上了正在等候他们的护卫舰“皮萨罗”号。1799 年 6 月初，启航的准备一切就绪，虽然有传言警告说，有人看见英国战舰正在附近出没。加农炮和可怕的敌人都不能让洪堡放弃，他写道：“我快乐得飘飘欲仙。”
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从望远镜、显微镜到大型摆钟和罗盘，洪堡的 42 件科学仪器都被单独包裹在底部铺着丝绒的箱子里，一同装上船的还有用来储存种子和泥土样本的玻璃瓶、成卷的纸张、天平，以及数不清的工具。洪堡在日记中记下了自己的好心情：“正如开始一项伟大工作时所必须拥有的。”
出发前夜，洪堡在信中讲述了他的计划。和此前的探险家一样，他打算收集植物、种子、岩石以及动物标本。他想测量山峰的高度，确定其经纬度坐标，并且测定水体和大气的温度。但这次旅行更真实的使命在于，发现“自然的所有力量是如何相互交织起来的”——有机生命与无机物在自然中如何互动。“人必须向往善和崇高、伟大的事物，”洪堡在离开西班牙前的最后一封信中写道，“其余的则交给命运。”
特内里费岛和泰德峰