洪堡觉得自己与家的距离从未像现在这样远过。如果他不幸身故，欧洲的亲友们恐怕要在几个月甚至几年之后才能得到消息。对于家人的近况，他也一无所知：威廉是否还住在巴黎？又或许他和卡洛琳娜已经搬回普鲁士？他们现在有几个孩子了？从西班牙出发以来的两年半内，洪堡只收到过一封哥哥的来信，以及两封一位老朋友的来信——即便是这些，也是一年前收到的了。在波哥大与基多之间的某地，洪堡感到极端的孤独。他提笔给威廉写了一封长信，仔细地描述了在南美洲历险的种种情状，开头第一句便是：“我从不厌倦写信寄回欧洲。”他明白，这封信顺利寄到的可能性并不高，但这并不重要。那天夜里，他们投宿在一个坐落在安第斯山脉中的偏远村落，写信是洪堡与哥哥最亲近的交流方式。
次日，他们一早起身，继续赶路。在某些地段，小道两旁便是直下数百英尺的悬崖，装有贵重仪器的包裹悬在骡子身旁晃荡。仆人何塞对这类情况特别警觉：他负责看管的气压计是这次旅程中最重要的仪器，洪堡需要用它来测量山峰的高度。气压计的主体是一根长木棍，当中插着一根玻璃管，里面装有水银。虽然洪堡专门为这台旅行用的气压计做了一个保护匣，但玻璃极易碰碎。当初买这台仪器用了 12 塔勒，根据洪堡的计算，等到 5 年探险结束时，加上雇用专人安全运送的费用，总共的花销实际高达 800 塔勒。
洪堡本来拥有若干个不同的气压计，但目前只剩下这一个还完好无损。几星期前，倒数第二个气压计在从卡塔赫纳到马格达莱纳河的路上摔碎了。为此，洪堡极为沮丧，当众瘫倒在一个小镇的中心广场上。他躺在地上，仰望天空，想起自己离家如此遥远，更别提欧洲那些制造仪器的能工巧匠了。“那些不用带着易碎仪器旅行的家伙可真幸运！”他嘟囔道。没有工具，他可如何测量和比较世界上所有的高山呢？
80
1802 年 1 月初，他们终于抵达基多。在离开卡塔赫纳 9 个月、跋涉 1 300 多英里后，他们却得知此前关于博丹船长的消息是错误的。博丹并没有取道南美洲前往澳大利亚，而是绕过非洲的好望角进入印度洋。换作其他人都会因此而绝望，但洪堡不会。他想，至少不需要急着赶往利马了，现在反而有充足的时间去攀登每一座自己想要考察的火山。
基多全景。洪堡以此为基地停留了数月
洪堡对火山主要有两点兴趣：其一，想确定火山活动是否为“局部”现象，抑或是经由地下相互关联的。如果真的存在相隔遥远，却成组、成群喷发的火山，那么它们也许是通过地心联系在一起的。其二，洪堡认为，通过研究火山，我们也许可以间接地探究地球的成因及其形成过程。
81
18 世纪末，有科学家开始提出这样一种假设，即地球的存在可能比《圣经》中记载的更久远，但他们无法就地球的成因达成共识。“水成论”（Neptunists）的拥护者相信，岩石由水体中的物质沉积而成，山峰、矿物层以及其他地质构造都是从原始海洋中缓慢诞生的。另外一些人相信“火成论”（Vulcanists），认为一切都起源于个别的灾难性事件，如火山喷发。在洪堡考察美洲时，这两派的意见仍然针锋相对，没有定论。欧洲科学家面临的一大问题在于，他们的知识全部来源于欧洲境内的两座活火山——意大利的埃特纳火山和维苏威火山，而洪堡现在有机会考察的火山数量超过此前所有学者考察的总和。他为之兴奋不已，并将对火山的研究视为理解地球形成机制的关键。在后来给洪堡的一封信中，歌德开玩笑地向他介绍了一位女性朋友：“既然你是一位相信一切都由火山创造的博物学家，现在请允许我介绍你认识一座‘女火山’，她所到之处一片焦土，寸草不留。”
既然等待博丹船长的计划落空，洪堡便以基多为基地，不惧艰险，系统地考察了附近所有的火山。他太过忙碌，基多当地上流社会的社交圈对此十分不悦。这位英俊的年轻人获得了数位未婚女性的青睐，但本省总督的女儿罗莎·蒙图法尔（Rosa Montúfar）小姐抱怨道：他在晚宴或其他社交场合“从不多作停留”。罗莎容貌出众，可洪堡似乎并无兴趣与美人相伴，他更喜欢待在野外。
然而罗莎的兄弟，俊美的卡洛斯·蒙图法尔（Carlos Montúfar）却成了洪堡的同伴。这一情形在洪堡一生中反复出现：他终身未娶（事实上，他曾评论道，男人一旦结婚就永远地“迷失了自己”），也似乎从未与任何女子有过亲密关系。然而洪堡却经常对男性友人产生依恋之情，常在书信中倾诉自己“不息、狂热的爱”。虽然男性相互宣告柏拉图式的亲密友情在当时并不罕见，但洪堡的告白仍算得上措辞强烈。他曾在给一位友人的信中称，“受到您感情的羁縻，如同身系铁链”；又在离开另一位友人之后连续哭泣数个小时，完全不能自已。
82
在出发前往南美洲之前，洪堡曾有过几段炽热的友情。在他的一生中，洪堡不但多次对友人表达自己的深情爱意，而且会表现出与他一贯性格不符的顺从。“我完全从属于您的计划，”他写道，“您可以命令我，像命令一个孩童，并且可以期待我毫无怨言的顺从。”然而洪堡与邦普兰的关系却并非如此。从西班牙出发前夕，洪堡给一位友人写信，称邦普兰是“一位好人”，但“在过去的六个月中，他待我非常冷淡，也就是说我们之间只是科学研究上的合作关系”。洪堡对“邦普兰只是一位科学事业上的同事”的强调，可能意味着他对其他男性友人持有更为特殊的情感。
当时的舆论也注意到，洪堡“对女人缺乏真正的感情”。此后，一家小报曾暗示他也许是同性恋，并指出他在一篇文章中曾提到“睡在一起的同伴”。卡洛琳娜·冯·洪堡认为：“没有什么能对亚历山大产生强烈影响，除非是通过男人。”甚至在洪堡去世 25 年后，德国诗人特奥多尔·冯塔内（Theodor Fontane）抱怨道，他刚读完的一部洪堡传记里竟然对传主“不寻常的性取向”只字不提。
22 岁的卡洛斯·蒙图法尔比洪堡小 10 岁，有着黑而卷的头发，深色的眼睛，身姿高大而挺拔。他将在此后的几年中一直陪伴在洪堡身边。虽然蒙图法尔没有受过科学教育，但聪颖好学，并且邦普兰明显不介意这位新成员的加入。其他人却不免有些嫉妒这段友情。何塞·德·卡尔达斯（José de Caldas）是一位南美洲的植物学家和天文学家，他几个月前曾在洪堡前往基多的途中与他们相遇，并提出同行的请求，却被礼貌地拒绝了。德·卡尔达斯恼火地给波哥大的穆蒂斯写信，称蒙图法尔成了洪堡的“阿多尼斯”④。
洪堡从未公开解释过他与男性友人之间的关系。但他曾经承认自己“不知道什么是感官上的需求”，因此这些友谊很可能只是柏拉图式的精神爱恋。他逃遁荒野，投入到艰苦的工作中。他说，身体的疲惫让他愉快，而自然能够平息“对情欲的狂热诉求”。在基多，他再次挑战自己的极限：有时和邦普兰与蒙图法尔一起攀登火山，有时独自前往，只带着小心翼翼保护着气压计的何塞。在接下去的五个月中，洪堡登遍了附近所有力所能及的十几座火山。
其中就有位于基多以西的皮钦查火山。在那里，何塞不幸失足跌倒，差点掉进一条被雪桥覆盖、下面却深不见底的岩缝。幸好他挣扎着爬了出来，保全了自己（以及气压计）。他们继续前行，攀登到峰顶。一条狭窄的岩架在火山口上部形成一块天然的露台。洪堡走过去，趴在上面，每隔两三分钟就能感觉到下面传来的剧烈震动。他毫不在意，继续爬向边缘，窥探皮钦查火山口深处的情形。他看到蓝色的火焰在其中跳动，扑面而来的硫黄味令人窒息。洪堡说：“没有人能想见我们眼前的景象——邪恶、哀伤、充满死亡气息。”
83
科托帕希峰是厄瓜多尔境内的第二高峰，海拔 19 000 多英尺，山顶呈完美的圆锥形。洪堡开始攀爬，但积雪和陡坡让他止步于 14 500 英尺处。虽然没能登顶，但白雪皑皑的山顶矗立在湛蓝的天穹之下，这是他此生见过的最壮丽景观之一。他在日记中写道，科托帕希峰的形状如此完美，山体表面如此光滑，就好像是木匠用车床旋出来的。
在另一次远足中，洪堡一行沿着古老的山道前行。这条山道是岩浆填满山谷后凝结而成的，上方则是海拔 18 714 英尺的安蒂萨纳峰。越往高处攀登，树木和草丛就变得越矮小。他们最终到达林木线以上，进入冻原。这里生长着成簇的褐色针茅草，看似十分荒凉；但仔细观察便可以发现地上开满了细小、多彩的花朵，紧紧地包裹在莲座般的绿叶中。他们还找到了娇小的羽扇豆和龙胆草，这些小家伙成片地生长，形成了如同苔藓般柔软的绿毯。放眼望去，绿草上到处都是蓝色和紫色的花朵。
但这里极其寒冷，山高风劲。邦普兰弯腰去采集植物时，被风吹倒了好几次。扑面而来的狂飙中卷着冰针。登顶之前，他们不得不扎营过夜。最终，他们找到了一间为当地人所有的低矮小茅屋，位于海拔 13 000 英尺处，被洪堡称为“世界上最高的憩息之处”。高原地势起伏，小屋地处其间，背后是高耸的安蒂萨纳峰雪顶，景色摄人心魄。然而他们为高山缺氧反应、严寒、缺少食物甚至照明用的蜡烛所苦，可算是旅途中最艰险的一夜了。
当晚，卡洛斯·蒙图法尔病倒了。与他同睡一榻的洪堡焦急万分，整夜起身为他倒水、敷冰袋。次日早晨，蒙图法尔恢复了足够的体力，能够跟随洪堡和邦普兰完成最终的登顶。他们爬到了将近 18 000 英尺处，超越了 18 世纪 30 年代曾经到此地考察地球形状的两位法国科学家夏尔-马利·德拉孔达米纳（Charles-Marie de la Condamine）和皮埃尔·布盖（Pierre Bouguer）。洪堡特别开心地指出，那两位只爬到了海拔 15 000 英尺处而已。