洪堡来得正是时候。美国驻古巴领事文森特·格雷（Vincent Gray）已经照会麦迪逊，力主他与洪堡会面。因为洪堡了解很多关于墨西哥的有用信息，而在路易斯安那购地计划成功后，墨西哥就成了美国南面的新邻国。
到达费城后，洪堡就与杰斐逊总统通过信件建立了联系，杰斐逊邀请他前往华盛顿。杰斐逊在信中说，自己受到了激励，因为一直都“对这个新世界寄托了更特别的希望，愿它能呈现人类境况得到改良后的一面”。于是，洪堡、邦普兰和蒙图法尔于 5 月 29 日乘坐运送邮件的马车离开费城，向西南方向前进，去往 150 英里外的华盛顿特区。
沿路尽是修葺整齐的农田。庄稼成行，农庄散落在田间，周围是果园和精巧的菜圃。这幅景象正是杰斐逊对美国政治与经济发展设想的缩影：独立的自耕农拥有小型的、自给自足的农庄，由此组成一个国家。
当欧洲因为拿破仑战争而四分五裂时，美国经济开始腾飞：因为作为一个中立国——至少眼下如此——它开始大量运送环球贸易的商品。美国的商船装满了香料、可可豆、棉花、咖啡和蔗糖，穿行在全球各大洋之上，从北美洲到加勒比海，再到欧洲和东印度群岛。美国本土的农产品出口市场也在扩大。种种情势都显示，杰斐逊正带领这个国家走向繁荣和幸福。
然而美国在独立战争结束后的 30 年中也经历了不少改变。曾经同仇敌忾的革命战友因为政见不同而反目，恶性党派斗争愈演愈烈。不同派系的成员就美国社会的理想面貌产生了强烈分歧：国家应该以农耕，还是以商业为本？在杰斐逊等人的设想中，美国是一个农业共和国，强调个人自由与各州的权利；而另一些人则偏爱贸易，希求一个强有力的中央政府。
洪堡到访时的华盛顿特区
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新首都的设计方案最生动地体现了这一重大分歧。华盛顿哥伦比亚特区是一座全新的城市，它将从波托马克河两岸布满沼泽的荒野中诞生。各党派人士认为首都的设计应该表现出联邦政府的角色以及彰显其权力（或隐去权力）。第一任总统乔治·华盛顿是强力联邦政府的支持者，他希望首都庄严宏伟，宽阔的林荫大道在城中交错，最好还有一座宫殿般的总统官邸以及华贵的花园。与此对立的是杰斐逊与其他共和党人；他们坚持认为中央政府的权力越小越好，因此希望首都可以设计得小一些——就像一个乡间的共和党小镇。
虽然最终采纳的是乔治·华盛顿的意见（从设计图纸上看，首都非常壮观），但直到 1804 年夏天洪堡到达时，实际完成的部分与设想的还有很大的差距。那时的华盛顿特区只有 4 500 位居民，和洪堡与歌德初次见面时的耶拿差不多大。这并不是外国人想象中疆域辽阔的美国应该拥有的首都。道路状况极差，路上布满了石子和树桩，马车因此经常倾覆。赤红的泥土粘在车轮和轮轴上，行人经常要小心路上及膝深的水坑。
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1801 年 3 月，杰斐逊宣誓就职总统，而后搬进白宫——那里当时还只是片建筑工地。洪堡到访时并没有多大改观，总统的花园里还立着工棚，到处都是尘土。白宫的地界与周围的农田只隔着一道摇摇欲坠的围栏，杰斐逊的洗衣女工将总统的衣物悉数晾在上面。室内的情况并没有更好，很多房间的家具都不齐全。一位访客评论道，杰斐逊总统只占据了这座大宅的一角，其余部分都“脏兮兮的，一片荒凉”。
但杰斐逊并不介意。从就任第一天起，他就致力去除笼罩在总统这一角色头顶的神秘光环，革除新政权中的陈规与无用的排场，以一个简朴的农民形象示人。他请客不办正式宴席，而是邀请宾客亲密地围坐在圆桌边共进晚餐，避免任何形式的等第之分和优先权。他刻意选择朴实的着装，其不修边幅的外表还引起了一些议论。他的旧拖鞋破了口，脚趾露在外面；外套“磨得开了线”，亚麻衬衫“并不干净”。一位英国外交官称，这位美国总统看上去像个“魁梧的农夫”，而这正是杰斐逊追求的效果。
杰斐逊认为自己首先是一个农夫和园丁，而非政治家。他说：“没有什么比翻耕泥土更让我愉快的事了。”在华盛顿的时候，杰斐逊每天都驱车去往附近的郊野，从而可以从烦琐的政务通信与会议中透口气。而他最渴望的还是重返蒙蒂塞洛庄园。在第二届任期末尾，他表示：“挣脱了权力的束缚，我觉得比一个刚刚解开锁链的囚犯还自由。”这位美国总统喜欢在沼泽地区徒步跋涉、攀岩、采集树叶或种子，讨厌参加内阁会议。一位朋友称他不会错过仔细观察任何一种植物的机会，“从最不起眼的野草到最高大的树木”。杰斐逊对植物学与园艺的热爱尽人皆知，驻外大使们甚至纷纷从世界各地为白宫寄来奇花异草的种子。
园艺学、数学、气象学、地理学……杰斐逊对一切科学都感兴趣。他迷恋化石拼成的骨架，特别是乳齿象的——这种已经灭绝的巨兽，一万年前曾漫步在美洲内陆之上。杰斐逊总统的图书馆有数千册藏书，包括他自己的著作《弗吉尼亚州小记》（Notes on the State of Virginia）。书中描述了当地的经济与社会、自然资源与植物种类,全书更是对弗吉尼亚风景的礼赞。
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像洪堡一样，杰斐逊博通各门学问，对各类知识了如指掌。他热衷测量，编订了大量列表，其中包括在蒙蒂塞洛种植的几百种植物，还有每日的气温记录。他记下楼梯的阶数，为孙女们写给他的信编定了一本“登记簿”，总会在衣兜里装一把尺子。他的头脑似乎一刻都不停歇。这样一位多才多艺的总统使得杰斐逊时代的白宫成了一个科学中心，植物学、地理学与野外考察成为晚餐时的热门话题。他还兼任美国哲学学会的主席，那是富兰克林于革命前建立的，是当时美国最重要的科学组织。在当时人们的眼中，杰斐逊“是一位开明的哲学家、杰出的博物学家、地球上的第一位政治领袖、科学的挚友与荣光……我们的国父、自由的忠实守护者”。他急切地期待与洪堡见面。
从费城出发三天半之后，洪堡一行于 6 月 1 日晚到达华盛顿。次日早晨，洪堡在白宫见到了杰斐逊。总统在自己的书房欢迎了这位 34 岁的科学家。这间私人书房中还存有一套木工用具，因为杰斐逊喜爱机械和制作小物件，从发明旋转书架到改造锁、钟表和科学仪器，无所不能。窗前摆放着的花盆里盛开着玫瑰和老鹳草，都经由杰斐逊悉心照料。墙上装饰着地图和表格，书籍满架。二人一见如故。
在此后的几天中，他们安排了若干次见面。一天傍晚，黄昏刚刚降临，白宫上下点亮了蜡烛。洪堡走进客厅，发现总统正与孙子孙女们嬉戏，孩子们欢笑着相互追逐。过了一会儿，杰斐逊才发现站在一旁静静注视着这一切的洪堡，笑着说：“您正好撞见我在扮演傻瓜的角色，但对您而言，我应该无须道歉！”洪堡欣慰地发现，他心目中的英雄过着“哲学家般俭朴的生活”。