后来在古巴，洪堡又发现，这片岛屿的大部分原始植被已经被蔗糖种植园取代。无论走到哪里，都可以看到经济作物取代了“能为土壤补充营养的蔬果作物”。除了蔗糖，古巴几乎不生产任何东西，这也就意味着如果不从其他殖民地进口食物，“整座岛屿就会陷入饥饿”。这就会导致依赖性和不公正的产生。与此类似的是库马纳地区的情况。当地的居民种植了太多蔗糖和木蓝，因而不得不从海外进口本来可以自己种植生产的食物。洪堡认为，单一栽培经济作物无法创造一个幸福社会，真正需要发展的是自给自足的农耕模式，以粮食为本，杂植其他类作物，例如香蕉、藜麦、玉米和马铃薯。
洪堡第一次揭示了殖民主义对环境造成的破坏。他的思绪总是回溯到作为复杂生命网络的自然，但也会将人类扮演的角色放在其中考量。在阿普雷河的时候，他目睹了西班牙人试图控制每年都会泛滥的洪水而修筑堤坝，却因此造成了更大的破坏。他们还砍伐河岸上原本“紧密相连的树林”，奔涌的河水却因此每年都冲刷掉更多泥土。在墨西哥城所在的高原上，他观察到，补给当地灌溉系统的湖泊慢慢缩成了一个浅浅的水塘，谷地部分也进而变得荒芜。洪堡总结道，在世界的各个角落，几乎总是水利工程师所做的愚蠢且短视的决定造成了相似的灾难。
他将自然、生态问题、帝国的权力与政治放在一起权衡轻重。他批评不公平的土地分配、过于单一的栽培方式、针对原住民部落的暴行，以及当地人所处的恶劣工作环境——这些至今是我们需要面对的重要问题。此前在矿井工作的经历使洪堡对开掘自然资源有着独特的见解，尤其是矿业对环境和经济的双重影响。例如在墨西哥，他发现当地经济几乎完全依赖单一经济作物与矿业，从而使整个国家都受制于浮动不定的国际市场价格。他认为：“唯一随时间变化而不断增加的，是农业生产积聚的资本。”他确信，殖民地所面临的种种问题都来源于“欧洲人不明智的举动”。
杰斐逊也曾提出过类似的论点。“在之后的数百年中，我们的政府都将是一个有德行的政府，”他曾说，“只要我们继续以农业为本。”对他而言，美国的西进正展开了这样一幅共和国图景：千百个独立自耕农户像战士一样为这个新生国家开疆拓土，并守卫它的自由。他相信，广袤的西部土地将为美国农业的自足提供保障，更能为“千百万尚未出生的人民”奠定未来的福祉。
105
在当时的美国，杰斐逊可算是最追求进步的农民之一了。他试验轮作、不同的施肥方式以及新的作物品种，收集所有能买到的农业书籍，甚至发明了一种能更有效翻动表层土壤的新式犁板。可以说，与国家大事相比，他对农业实践更有兴趣。例如有一次，他从伦敦订购了一台新式脱粒机，马上兴奋地告诉麦迪逊：“我每天都翘首以待。”时而又像个孩子一样失望地抱怨：“怎么还没收到我的脱粒机？”最后，他雀跃地欢呼：“它终于运抵纽约啦！”在蒙蒂塞洛，他试种新的蔬菜、粮食和水果品种，将自己的农田和花园变成实验室。他相信“每添加一种新的有用作物，都是对一个国家所能做的最大贡献。”在意大利的时候，他偷偷地将生长在高山上的稻米种子揣进衣兜，带回美国（冒着被判死刑的风险）；还曾经试图劝说美国农民种植糖枫树，以期结束本国对英属西印度进口糖浆的依赖。在蒙蒂塞洛，他一共拥有 99 种蔬菜和草药，共 330 个品种。
“只要一个人拥有自己的一片土地，他就是独立的。”杰斐逊对这一点坚信不疑。他甚至曾经提议，唯有农民才有资格当选国会议员，因为与“没有祖国”、只知道追逐利益的商人相比，农民才是“美国最重要利益的真正代表”。工厂的工人、商人和股票交易者永远不会像翻耕土地的农民一样对一个国家产生归属感。他坚持认为，“小户土地拥有者是一个国家最珍贵的组成部分”；在为弗吉尼亚州草拟的宪法中，他还拟定为每一个自由人提供 50 英亩土地（这一条最终未获通过）。詹姆斯·麦迪逊，他政治上的重要盟友，也认为一个国家拥有的农夫比例越高，“社会本身就一定越自由、独立且幸福”。二人都同意，农业是共和政体的崇高事业，也是建设国家的重要途径。耕犁土地、播种蔬菜与设计作物的轮作能培养人的自我独立意识，让一户人家自给自足，从而引向政治上的自由。洪堡也同意这一观点，因为他在南美洲见到的小型农户确实产生了“关于自由与独立的强烈意识”。
虽然他们在多数事务上持有一致观点，但却在一个问题上产生了重大分歧：那就是奴隶制度。对洪堡而言，殖民主义与奴隶制度基本上是同一回事，都与人对自然资源的开发密不可分。当西班牙人（也包括北美洲殖民者）将蔗糖、棉花、木蓝和咖啡引入殖民地时，他们也同时引进了奴隶制度。例如在古巴，洪堡亲眼看见，“每一滴蔗糖汁液都包含着鲜血与痛苦的呻吟”。他认为，正是欧洲人所谓的“文明”与“对财富的渴望”导致了奴隶制度的大行其道。
106
据说，杰斐逊最初的童年记忆，便是躺卧在一位黑奴怀中的枕头上。成年以后，他的生活亦仰仗奴隶的劳力。虽然他声称憎恨奴隶制度，但他只从自己拥有的 200 多名奴隶之中解放了少数的几个，其余的大部分奴隶仍然在他弗吉尼亚的庄园中生活和劳作。杰斐逊曾希望小规模农业能够解决蒙蒂塞洛的奴隶问题。在出使欧洲期间，他曾与勤劳耕作的德国农民交谈，发现他们“完全不受金钱诱惑”。杰斐逊考虑将这样高尚的人引入蒙蒂塞洛庄园，将他们与奴隶安顿在一起，授予每人 50 英亩土地。对杰斐逊而言，这些勤劳而诚实的德国人代表了理想的、富有美德的农民。现有的奴隶仍然依附于他，但奴隶的孩子们将在这些德国人的周围成长起来，可以成为自由人和“优秀的公民”。当然，这一计划从未付诸实施。与洪堡见面时，杰斐逊已经完全放弃了解放奴隶的想法。
在种植园劳作的黑奴
洪堡却从未停止对这一“最邪恶的制度”的谴责。在访问华盛顿期间，洪堡虽然不敢直接批评总统，但曾对总统的友人、建筑师威廉·桑顿（William Thornton）提过，奴隶制度是“不光彩的”。当然，他明白废除奴隶制度会减少美国的棉花产量，但公众福利“不能单纯用出口数额来衡量”。正义与自由远比账本上的数字以及少数人的富有更重要。