1818 年 9 月 14 日，也就是洪堡 49 岁生日的那天，他从巴黎登上马车，再次出发前往伦敦。这是他 4 年内第三次前往英国了。5 天后，他于深夜到达威廉位于波特兰广场的宅邸。现在，他的名字已经无人不晓，伦敦各大报纸都在“抵埠时尚人士”的专栏中争相宣布他的到来。他仍然希望能够前往印度考察，威廉也利用伦敦外交界的关系找到了一些门路。例如，他安排亚历山大与摄政王公单独见面，后者保证将支持这次探险。英国政府总管东印度公司事务的大臣、管理委员会理事长乔治·坎宁（George Canning）也表示会帮助洪堡。在此之后，洪堡几乎确信，东印度公司所有可能妨碍他计划的借口应该都已经消除。在将近十年的软磨硬泡之后，印度终于不再遥不可及。他很确定公司总管会让步，于是将自己的注意力转向了普鲁士国王腓特烈·威廉三世：若干年前，这位国王曾经表示愿意出资赞助他的旅行。
巧合的是，普鲁士国王正好在艾克斯拉沙佩勒（今天德国的亚琛）出席一场重要的高层会议。1818 年 10 月 1 日，组成反法联盟的普鲁士、奥地利、英国和俄国的四国首脑在亚琛举行会谈，讨论从法国撤军的安排，以及未来的欧洲战略格局。亚琛位于法国加莱以东 200 英里处，因此，洪堡不必强迫自己去柏林（他已经有 11 年没有回到那里了），还能省下 1 000 多英里的路程。
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10 月 8 日，到伦敦还不满三个星期，洪堡又再次启程，身后紧跟着一连串谣言。有些英国报纸议论道，洪堡如此急匆匆地跑去参加亚琛和会，是想要“就南美洲问题给出自己的意见”；法国秘密警察也怀疑他随身带有一份叛乱殖民地的详细报告；西班牙派出一名大臣前往亚琛，希望争得欧洲各国的帮助，镇压西蒙·玻利瓦尔的军队。但当洪堡到达亚琛时，局势已经很明朗：各盟国无意干涉西班牙海外殖民的野心，他们更担心如何在后拿破仑时期的欧洲维持力量的平衡。据《泰晤士报》报道，洪堡得以专注于他的“个人事务”——向普鲁士人寻求去印度考察的资金支持。
在亚琛，洪堡告诉普鲁士首相卡尔·奥古斯特·冯·哈登贝格（Karl August von Hardenberg），阻挠自己成行的困难几乎全都克服了。洪堡说，在“对我的行动拥有十足把握”之前，唯一欠缺的是资金支持。结果不到 24 小时，腓特烈·威廉三世便允诺资助他。洪堡狂喜不已。14 年后，他终于可以再次离开欧洲。他想攀登雄伟的喜马拉雅山，将全世界都囊括到“自然之图”中。
洪堡一从亚琛返回巴黎，就开始筹备行装。他购买书籍和仪器，与曾去过亚洲的旅行家通信，并计划自己的路线。他想先去君士坦丁堡，然后考察白雪覆盖的死火山阿勒山（位于今天的伊朗和土耳其边境）。从那里折而向南，从陆路穿过波斯全境，然后在波斯湾畔的阿巴斯港登船前往印度。他开始学习波斯语和阿拉伯语，并在卧室的墙上挂了一张巨幅的亚洲地图。然而，和以往一样，每件事情的进展都比他想象的更缓慢。
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他仍然没有发表完拉丁美洲之行的全部收获。最终，这套著作将成为 34 卷的《去往新大陆赤道地区的旅行》——其中包括长达数卷的《旅行故事》，但也有更加专业的植物学、动物学和天文学论著。其中《旅行故事》和《关于新西班牙王国的政治随笔》只含有少量插图，有的甚至没有，普通读者也买得起。而《美洲山系一览》则附有极其精美的插图，详细记述了拉丁美洲的风景和文物；该书制作恢宏，价格也惊人。如果把所有的费用加起来，那么《去往新大陆赤道地区的旅行》将成为一位科学家以个人之力出版的最昂贵的著作。多年以来，洪堡一直雇用各类地图绘制人员、艺术家、铜版画雕刻家和植物学家，代价高昂，自己也濒临破产。他仍然接受普鲁士国王的薪俸，并从卖书的收入中分成，但也不得不严格控制生活开销。他已经用完了继承到的全部遗产：旅行本身花去了 5 万塔勒，而在出版上花去的金额与在巴黎的生活开销则大约是这个数目的两倍。
所有这些困难都不足以让洪堡止步。他向朋友和银行借钱，并在大多数时候试图忽略自己财务上的困境，然而债台慢慢高筑。
洪堡一边写作，一边继续为印度之行作准备。他把卡尔·西吉斯蒙德·昆特派往瑞士去调查阿尔卑斯山脉的植被，以便将来与阿勒山和喜马拉雅山进行比较。昆特是洪堡儿时教师戈特罗布·约翰·克里斯蒂安·昆特的侄子，也是接手了邦普兰迟迟未完成的植物学专著的年轻学者，他计划和洪堡同行。旧日搭档艾梅·邦普兰却无法加入他们。自约瑟芬·波拿巴于 1814 年 5 月去世后，邦普兰便离开了马尔梅松城堡的花园。他厌倦了巴黎的生活。他在给姐姐的信中写道：“我太循规蹈矩了。”他渴望开始新的冒险，但对洪堡一再延迟的计划渐渐失去了耐心。
邦普兰一直想回南美洲。他去伦敦约见了西蒙·玻利瓦尔的手下和其他来到英国、试图为反抗西班牙的斗争寻求支持的革命人士。邦普兰甚至为他们提供了书籍、一台印刷机，以及走私了部分武器。很快，南美众人就开始竞相争取邦普兰的帮助。弗朗西斯科·安东尼奥·泽亚（Francisco Antonio Zea）也是一位植物学家，他将成为玻利瓦尔领导下的哥伦比亚副总统。当时，植物学家何塞·塞莱斯蒂诺·穆蒂斯已经去世，泽亚请求邦普兰到波哥大继续穆蒂斯的工作。与此同时，布宜诺斯艾利斯的代表也希望邦普兰为他们建立一个植物园。邦普兰所掌握的各类有用植物知识将为新成立的国家提供潜在的经济效益。正如英国人在加尔各答建立植物园是为了筹建大英帝国的仓库、储存优良的作物，阿根廷人也想效仿这种方式。邦普兰将帮助他们从欧洲引进“最新的实用农业技术”。
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当时，革命者们争相吸引欧洲科学家们到拉丁美洲去。科学就像一个无国界的超级国家，能够让不同地方的人们联合在一起。他们希望借助科学家的力量让独立的拉丁美洲和欧洲平起平坐。当泽亚出任哥伦比亚驻英国的全权公使时，他收到指令，不仅要在欧洲寻求对拉丁美洲政治斗争的支持，更要促成科学家、手工业者和农民的移民请求。泽亚被告知：“与外交努力相比，伟大的富兰克林在法国通过自然科学为他的国家做了更多事情。”
考虑到邦普兰所拥有的关于拉丁美洲的广博知识，他移民的可能性让革命者们感到特别兴奋。其中一位对邦普兰说，所有人“都在急不可耐地等待您的到来”。1815 年春天，皇家军队重新占领新格拉纳达总督辖区马格达莱纳河沿岸的大部分领土，革命军损失惨重：有的逃亡，有的病死，最终只剩下十分之一的兵力。但即便是在这样的时刻，玻利瓦尔仍抽空写信，将穆蒂斯在波哥大的职位授予邦普兰。然而新格拉纳达和委内瑞拉所经历的残酷内战让邦普兰感到不安，他最终选择于 1816 年底离开法国，前往布宜诺斯艾利斯。
于是，与洪堡结束南美洲探险的 12 年后，邦普兰又一次航向新大陆——这次满载着果树幼苗、蔬菜种子、葡萄和药草，打算开始新的生活。在布宜诺斯艾利斯生活了一两年后，他厌倦了大城市。邦普兰从来不乐于从事严谨细致的学者工作，对整理和分类标本束手无策；他的性情更适合参与野外考察，去发现稀有的植物。短短几年内，他积攒了两万多件压片标本。但他的标本室一片混乱，木箱散落一地，里面堆着只经过粗粗装订的标本，有些甚至没有贴在纸上。1820 年，邦普兰搬到巴拉那河畔的圣安娜，那里地处阿根廷与巴拉圭接壤的边境。他在那里采集植物，并种植巴拉圭冬青（Ilex paraguariensis）——这种植物的叶片干燥后可以用来泡茶，是南美洲很受欢迎的饮品。
1821 年 11 月 25 日，也就是邦普兰离开法国 5 年后，洪堡给他寄去一些钱，顺便在信中抱怨，很久没有收到这位曾经共历艰险的老友的消息了。但邦普兰没能收到这封信。1821 年 12 月 8 日，就在洪堡的信寄出两周后，400 名巴拉圭军人越境进入阿根廷，袭击了圣安娜的邦普兰农场。受巴拉圭独裁统治者何塞·加斯帕尔·罗德里格斯·德·弗朗西亚（José Gaspar Rodríguez de Francia）的指示，他们杀死了农场的工人，给邦普兰戴上镣铐并带走了他。弗朗西亚指责邦普兰从事农业间谍活动，声称他兴旺的农场会对巴拉圭的冬青贸易造成威胁。邦普兰被强行带到巴拉圭，关进监狱。