在奥里诺科河上，洪堡观察了世界上最大的啮齿动物——水豚——的种群数量变化。他发现水豚的繁殖速度极其惊人，但它们在陆上会遭遇美洲豹的袭击，在水中又容易被鳄鱼吞噬。洪堡写道，如果没有“这两个可怖的敌人”，水豚的数量会急剧攀升。他还目睹了美洲豹捕猎貘的过程，在一旁围观的猴群“受到这一缠斗场面的震慑”，发出凄厉的尖啸。
“在热带丛林看似静谧、美好的表面下，时刻都上演着残酷的血肉之战，”达尔文在洪堡的《旅行故事》第五卷页边写道，“动物们以彼此为猎物，真是一种正向的限制啊！”在这里，达尔文第一次写下了他自己发现的“推动演化的机制”。
1838 年 9 月，达尔文在笔记中写道，一切动植物都“通过复杂的相互作用而彼此联结”。这就是洪堡的生命之网——达尔文则更进一步，把它转化成了一棵生命之树，一切生物都起源、生发于此：有些枝条通向灭绝，有些则演化出新的物种。早在 1839 年，达尔文演化论的大部分基本观念已经成形；但他又继续工作了 20 年，直到 1859 年才正式出版《物种起源》。
《物种起源》的终章也可以看作是受到了洪堡《旅行故事》的启发。达尔文在洪堡的记述中圈出了对密林中的昆虫、鸟类和其他生命的生动描写，⑨进而提炼出“纷繁的河岸”（entangled bank）这一著名比喻：
凝视纷繁的河岸，覆盖着形形色色茂盛的植物，灌木枝头鸟儿鸣啭，各种昆虫飞来飞去，蠕虫爬过湿润的土地；复又沉思：这些精心营造的类型，彼此之间是多么地不同，而又以如此复杂的方式相互依存，却全都出自作用于我们周围的一些法则，这真是饶有趣味。⑩
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达尔文站在了洪堡的肩膀上。
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① 达尔文担心尾舱太小，储物空间不够，行前特意问船长是否能带上自己的那套《旅行故事》。“当然没问题，尽管带上你的洪堡。”船长十分确定地回答道。——原注
② “小猎犬”号上还载有一名传教士和三名火地岛原住民。菲茨罗伊在此前的一次航行中俘获了他们，并将他们带到英国。现在，他们将返回故乡，菲茨罗伊希望他们能帮忙让其他火地人皈依基督教，并在那里建立一个传教点。——原注
③ Gauchos，拉丁美洲民族，由印第安人和西班牙人长期结合而成，主要以打猎和放牧为生。
④ flycatcher，捕食时有来回飞行的特性，船员们以此来比喻活力十足的达尔文。
⑤ 达尔文的整段关于地震的记载都与洪堡的文字十分相似。例如洪堡的“大地最古老的根基被撼动了，我们曾以为它无比稳固”，在达尔文那里的表达则是“那一切坚固东西的象征——世界——在我们脚下移动了”；洪堡写道：“我们头一次觉得自己错误地信任了土地——曾那么久地伫立其上，不疑有他。”达尔文则回应道：“一秒钟的瞬间让心灵感到一阵陌生的不安全感。”——原注
⑥ 达尔文还拿到了一笔政府资助，用于发表《小猎犬号航海旅行的动物学报告》（Zoology of the Voyage of H. M. S. Beagle），称这是“谦卑地模仿”洪堡辉煌的动物学著作。——原注
⑦ 赞同固定物种的一方认为，动物和植物时常灭绝，然后上帝则定期创造新的物种。反对的一方则争辩道，不同的物种之间存在内在的统一性或“蓝图”（歌德所谓“原型”的概念），每个物种都会去适应自己特定的环境。例如，他们认为蝙蝠的双翅和江豚的鳍肢都是前肢的不同变形。——原注
⑧ 达尔文的手稿中，有几百处对洪堡的引用；他在洪堡的著作上直接用铅笔画圈，在日记中记下自己的批注，例如“洪堡在植物地理学方面曾经发现……”，等等。——原注
⑨ 洪堡在《旅行故事》中写道：“丛林中的走兽隐伏到树丛里；鸟儿藏在茂密的树叶背后或岩缝之中。然而，在这表面的静谧下，如果我们仔细倾听空气中最细微的声响，就会听到一种沉闷的振动、不停歇的细语以及昆虫的哼鸣——可以说，这些声音充溢在底层的大气中。没有什么比这更能让一个人感到有机生命的尺度和力量。千万种昆虫在土壤里爬行，也有一些围绕着暴晒在烈日之下的植物飞舞。每一丛灌木、每一段朽木、每一条岩缝和每一方被蜥蜴、蜈蚣以及无足目占据的地下世界，都会发出令人迷惑的声音。那么多的声响都在告诉我们，自然的一切都在呼吸；生命以一千种不同的形式弥散在裂开成尘的土壤、水体的怀抱以及环绕我们的空气中。”——原注
⑩ 《物种起源》，苗德岁译，译林出版社，2013 年 10 月。