当时封公者还有徐达、常遇春子常茂、李文忠、冯胜、邓愈，共六人，而李善长居诸公之首，位崇秩尊，朱元璋将其比于汉之萧何，并将临安公主嫁给他的儿子。洪武十三年，胡惟庸因谋反罪被杀后，李善长的地位很久都没受到影响，然而到了洪武二十一年蓝玉北征至捕鱼儿海，据说是获得了胡惟庸谋反的证据：私通北元。至此，由于御史的劾奏，李善长竟被打入胡党 ，罪名是“知逆谋不发举、狐疑观望怀两端，大逆不道”，正好这时又有人说星象异常，“其占当移大臣”。于是便将李善长及其妻女弟侄家口七十余人一并处死。同时以胡党被处死的还有吉安侯陆仲宁、延安侯唐胜宗、平凉侯费聚、南雄侯赵庸、荥阳侯郑遇春、宜春侯黄彬、河南侯陆聚等，已故的营阳侯杨璟、济宁侯顾时等也受到追论 。李善长死的第二年，虞部 郎中王国用上疏对李善长之狱提出怀疑，他说：
善长与陛下同心，出万死以取天下，勋臣第一，生封公，死封王，男尚公主，亲戚拜官，人臣之分极矣。籍令欲自图不轨，尚未可知，而自谓其欲佐胡惟庸者，则大谬不然。……使善长佐惟庸成，不边勋臣第一而已矣，大师国公封王而已矣，尚主纳妃而己矣，宁复有加于今日？……若谓天象告变，大臣当灾，杀之以应天象，则尤不可。臣恐天下闻之，谓功如善长且如此，四方因之解体也。今善长已死，言之无益，所愿陛下所戒将来耳。
朱元璋见到奏疏，竟然不加之罪，其实他心里很清楚这是一个冤案。
亲王的成长促成朱元璋铲除权臣，权臣的铲除又促使亲王进一步掌握权力。
洪武二十六年二月，凉国公蓝玉被指为谋反，族诛，列侯以下坐党夷灭者不可胜数。吏部尚书詹微、户部侍郎傅友文、开国公常升、景川侯曹震、鹤庆侯张翼、舳舻侯朱寿、东莞伯何荣、普定侯陈桓、宜宁侯曹泰、会宁侯张温、怀远侯曹兴、西凉侯濮玛、支平侯韩勋、全宁侯孙恪、沈阳侯察罕、徽先伯桑敬等等均以蓝党坐死。洪武二十七年十一月，颖国公傅友德赐死，竟无罪名。
与此同步：
洪武二十四年二月，齐王率护卫骑兵在开平近地围猎，遇有战斗则自为队参战 。五月，汉、卫、谷、庆、宁、岷诸王练兵临清。分别设置护卫军：汉王甘州中护卫、卫王广宁中护卫、谷王兴州中护卫、庆王宁夏中护卫、宁王营州中护卫，岷王西河中护卫 。二十五年正月，晋、燕、楚、湘诸王入朝，朱元璋命令他们“岁训将练兵，周视封疆，作军器必精良，以固边圉”。二十六年二月，命晋王总宋国公冯胜等所统河南、山西军士出塞，胜及颍国公傅友德、开国公常升、定选侯王弼、全宁侯孙恪等驰驿还京，其余将校悉听晋王节制。三月，代王率护卫兵出塞，受晋王节制 。三月丙辰，令宋国公冯胜、颖国公傅友德住北平等处备边，其山西属卫将校悉听晋王节制。北平属卫将校悉听燕王节制。“凡军中应有机务，一奏朝廷，一启王知，永着为令。”庚申，复遣使谕晋王、燕王：“各统所辖都司军马，凡军中赏罚大者以闻，小者宜从处分。” 辛酉、庚午、甲戌，并西安右卫于西安中护卫；改华山卫为西安左护卫；改秦州卫为西安右护卫。二十八年四月甲申，又诏置辽(卫)、宁、谷、庆、肃(汉)五王护卫指挥使司。二十八年，肃王(原封汉王)就藩甘州，理陕西行都司甘州五省军务。三十年令督军屯粮，遇征伐，以长兴侯耿炳文从 。二十六年，辽王植就藩广宁，宁王权就藩大宁。洪武三十年，朱元璋要求他们“自东胜以西至宁夏、河西、察罕脑儿，东胜以东至大同、宣府开平，又东南至大宁，又东至辽东，抵鸭绿江，北至大漠，又自雁门关外，西抵黄河，渡河至察罕脑儿，又东至紫荆关，又东至居庸关及古北口，又东至山海卫，凡军民种地，毋纵畜牧。其荒旷地及山场，听诸王驸马牧马樵采，东西往来营驻。因以时练兵防寇。违者论之 。史称宁王“带甲八万，举车六千，所属朵颜三卫骑皆骁勇善战，”“以善谋称” ；庆王■就藩宁夏，诏理庆阳、宁夏、延安、绶德诸卫军务 ，朱元璋对诸王的行动随时给以指示。如二十六年三月乙卯派人对燕王说：“尔护卫士卒，每遇出猎必选数千骑被坚执锐以训练之，使之常习劳苦，则临阵不怯。” 三月甲戌，他听说晋王督兵在下水筑城，便派人加以责备，批评他“无深谋远虑”，并要求他“自今军中调遣，必计出万全，毋徒劳军士” 。
除练兵防边外，朱元璋给各都司卫所下达筑城、屯田及从征的任务，也通过所在诸藩王去执行。如二十八年正月辛亥朱元璋遣使命令周王■，发河南都指挥使司属卫马步官军三万四千人往塞北筑城、屯田；甲寅，遣人敕谕晋王发山西都指挥使司属卫马步官军二万六千六百人往塞北筑城、屯田 ；甲子，命令燕王发北平二都指挥使司并辽东都指挥使司属卫精骑兵七千、步兵一万，命都指挥使周兴为总兵官，同右军都督佥事宋晟、刘真、往三万卫等处捕野人，其属卫指挥庄德、景保安、张玉、卢震等悉令从征 。
洪武三十年正月乙丑，朱元璋命令肃王楧曰：“古者兵出于农，人无寒馁，有寇则操戈以战，无事则荷耒以耕。此良法也。今春气方和，宜及时督军屯种，遇有征伐，尔其率精兵与长兴侯耿炳文等进讨。”这时，在汉中府沔县发生了一场有千余人参加的造反，“陕蜀番民”也因而起事，朱元璋慌忙派长兴侯耿炳文、武定侯郭英，发陕西四川兵讨之。并对刚嗣秦王位不久的朱尚炳说：“尔宜练士卒，缮甲兵，时巡逻以备无虞，况尔年幼，当夙夜警惕无急。”
这样，不仅诸王的势力不断加强，而且军事经验也在不断增长，同时，无形中形成这样一种格局，即皇帝——诸王——都司卫所的格局。诸王成为代替皇帝直接控制地方军事力量的一个重要层次。这种格局是朱元璋削除权臣、加强皇室地位这一指导思想的必然结果 。
洪武二十八年三月二十日，秦王朱■死，这时他年已四十。他是曾被朱元璋寄重的一位亲王，在辈分上仅次于太子朱标，因而朱元璋给其的谥文中说：奇 -書∧ 網“尔以年长者，首封于秦。”期于永保禄位，藩屏帝室。看来他有负所托。如前所说，在备御北边时，秦王并无突出表现，而且还屡有过失，因此一度被召还京师。所以谥文中又说：“夫何不良于德，竟殒厥身。”他的谥号竟是一个多有贬意的“愍”字。对他的死，朱元璋是很悲痛的，老年丧子，人同此心。但他的死却使朱棣的地位无形中又上升了，至少，朱棣又失掉一位竞争的对手。
洪武二十九年，二月二十三日，在边境上巡逻的骑兵发现在道路上有脱落遗失的车轮，宁王朱权马上将这一情况报告给了朱元璋，朱元璋认为这是蒙古骑兵仍在边境活动的证明，蒙古兵很有可能再次入寇边境。朱元璋说：“胡人多奸，示弱于人，此必设伏以诱我军，若出军追逐，恐堕其计。”于是命令燕王朱棣选精卒壮马奔赴大宁、全宁，沿河南北觇视胡兵，针对敌情，随时随地给予打击。同时，他要求周王朱■命其世子朱有燉，率领河南都司精锐，赴北平塞口巡逻 。三月，燕王朱棣再次率师出塞北征。军行至彻彻儿山 与蒙古军队发生战斗。蒙军首领孛林帖木儿等数十人被俘。明军乘胜追至兀良哈秃城，又与蒙军哈刺兀 等发生战斗，明军再次取胜。这次北征历时很短，而且史籍记载十分简略，大概是战绩无足称道吧？
不管怎么说，这次北征，再次给朱棣提供了展示其才能的机会。
洪武三十年。四月初三，朱元璋给晋王、燕王下了一道敕书，谕以“备边十事”：
其一曰，向者发往开平防边擒胡大小将校，宜遣人阅实明白，具籍以闻。是时塞草方青，胡人必顺水草而南，宜谨斥堠，广布置，务殚智虑，设法提防。每一堠用马二匹，而以三十堠为一路，计用六十匹。其相去或二十里，或三十里，则设一路，总十路则用马六百匹。其布置之法，则由内而外，其近里则二十里为一堠，计十堠。外则十五里为一堠，又计十堠。又外则十里为一堠，又计十堠。以此撙节一路，可望五百里，少有烽警，则无不先知矣。
其二曰，须选人领精骑或五六千或七八千，在百五十里至百里外一路潜伏，以侦望之，则可知彼虚实矣。
三曰，所设十路斥堠，每处为三十层，每层马二匹，东西相去二百里，广受所发防边将校。东五层内，西五层内，皆须在十层两向以候远望消息。仍令每堠垒炮积薪，务严备豫，昼则望烟，夜则望火，至加防慎，则彼之多寡亦可知矣。
四曰，王所统大军，除发去都督等员率领提备，其余护卫或一万，或二万，亲王率于附近屯所往来牧放，仍须被坚执锐，夙夜加谨。望远者，去王约三十里，不许顷刻有怠。王之队伍，常在斥堠以里，不宜久驻一处。东西南北往来莫测，又须趁逐水草，随营牧放以就孳焉。
其五曰，今年八月二十日晋王、燕王起程，九月一日，辽、宁、谷、代起程，务在约量程途，同至京师，朕别有议非面谕不可也。
其六曰，今年屯种自东胜至开平，开平至大宁、广宁，须五月，报禾苗长养何如，七月再报结实何如，十月又报所收子粒若于。