他不爱读书，醉心于一些游戏，因此才引起了民间种种关于他偷偷溜出宫，出没于酒楼、戏园、妓馆等民间场所的传说。
档案记载：正当同治重病期间，清宫中继续了二百多年前曾经上演过的传统祈祷冲灾迷信仪式：为了给病中的皇帝冲灾。仅十一月间，清廷就以同治皇帝及慈禧太后的名义多次颁旨下诏，除大赦天下，还大量授官进爵。在宫中，大臣谒见皇帝，要先请安“送天喜”。然后脱下官服，“易花衣”，以红绢悬于当胸。痘神娘娘的偶像又被从大高殿迎到养心殿中供奉，为病危的皇帝祈福。“王贝勒及内务府诸臣皆有执事，宫内皆挂红联，内监无职者皆红衣也。”然而一切仪式终究没能救回同治皇帝的命。
这里人们不禁会问，按照清宫的阿哥种痘制度，同治皇帝应该是种过痘的，为什么还会死于天花？同时，人们又会想起同治皇帝的父亲咸丰皇帝，他也曾受到过天花的袭击，脸上留下了永久性的瘢痕。父子两个人都遭受过痘神的袭击，一死一伤，原因何在？对于这一疑问，现存两种说法，一种认为：两个人做阿哥时，都种过痘，但显然没有起到作用。毕竟传统的种痘方法并不能做到百分之百地有效。另外还有一种说法，就是宫中阿哥种痘制度在嘉庆以后已形同虚设，同治皇帝，甚至他的父亲咸丰皇帝，做阿哥时很可能并没有真正的种过痘。从现存的清代档案保存情况来看，乾隆以后阿哥种痘的记录无一所见，如果不是佚失的话，很容易使人对乾隆之后宫中阿哥种痘制度的执行产生怀疑。
同治皇帝之死还引出了另外一个话题，就是进步与落后。中国传统的种痘疫苗法，一度在世界上处于领先地位。据记载，康熙时期，俄罗斯曾派人专门到中国学习种痘法。后来这种方法又由土耳其传入了欧洲。１７８６年，英国人詹纳在它的基础上发明了詹纳法，也就是后来的牛痘疫苗法。这种先进的牛痘法嘉庆年间已传入中国，但官方推行的还是传统的种痘法。如果当时清政府善于引进学习，将先进的牛痘疫苗法引进宫中，也许同治皇帝就不会死了。保守就意味着落后。据此，某种意义上说，同治死于天花，毋宁说是死于落后。
清宫太医院
在封建社会，皇帝贵为天子，享有至高无上的权力。皇位历来就是继承者们梦寐以求的对象，争夺皇位自然是非常激烈，甚至是不顾亲情的血腥厮杀。皇位来之不易，保住皇位更是皇帝们一生中的头等大事。为了保住皇位，除了政治手段以外，应该就是保命了。
为了保命，清朝的皇帝与封建社会的所有皇帝一样，不惜一切代价寻找名医和名药，这些名医和名药也就成了所谓的御医、御药。太医院是为宫廷服务的，御药主要是皇帝、皇后和妃嫔们吃的，因此御医和御药就有了一层神秘的面纱。
坐落在北京紫禁城内的中国第一历史档案馆，今天仍然保存着大量清宫御医、御药的原始档案，可以帮助我们揭开这层神秘的面纱。
关于宫廷医疗机构的设置，据《汉书》记载，黄帝时已有岐伯，管理宫廷医药的事情。周朝设有医师、上士、下士为帝王及卿大夫行医治病。秦汉时也曾设有太医令、太医下大夫、翰林医官等职官。到了金代，开始用太医院这一名称，隶属宣徽院。元代，太医院开始成为专门的宫廷医疗机构。自此以后，各朝都设有太医院，直至１９１１年清朝灭亡。
清顺治元年（１６４４），清朝的太医院，最初设在北京正阳门东江米巷，也就是后来的东交民巷西口路北附近。该院有大门三座，均向西。用黑漆书写“太医院”三个大字的匾额悬挂于大门之上。大门前为门役的住房。左为“土地祠”，右为“听差处”。太医院内有大堂五间，是主要的活动场所，大堂内悬挂着康熙皇帝御赐著名御医黄运的诗文：“神圣岂能再，调方最近情。存诚慎药性，仁术尽平生。”大堂左侧，有南厅三间，是御医办理公务的处所。大厅右侧是北厅。后面是先医庙，外门称棂星，内门称咸济，殿名景惠，南向，殿内供奉着伏羲、神农、黄帝的塑像，有康熙御书“永济群生”匾额。先医庙外北向为药王庙，庙里有铜人像。连接大堂的过厅是二堂，后面还有三堂五间。
光绪二十七年（１９０１），依照丧权辱国的《辛丑条约》第七款，将东交民巷划为各国驻中国的使馆区，使馆区范围内的中国衙署都必须按时搬走。太医院只得暂借东安门大街御医白文寿的宅子应差。不久，又暂移至北池子大悲观音院。光绪二十八年，才于地安门外皇城根、兵仗局东建立新的办公衙署，其建筑规模较之从前要简陋许多，现在遗址尚存，但已是面目全非，昔日衙门形式，难以再现。太医院在紫禁城内东墙下、上驷院之北，设有待诊、休息的处所，旧称“他坦”，岁月流失，现也倾毁无存。
太医院为五品衙门。医务人员都有相应的职位，堂官称为院使，相当于院长，为五品官，副职称为左院判，官居六品，所属官员有御医，官居八品。雍正七年（１７２９）规定：御医均受正七品，许用六品冠带。还有吏目、医士、医生等，这些人员享受从九品的待遇，一般通称御医（又称太医），各医官的品级，历朝稍有变动。历朝御医人数，略有增减。以光绪朝为例：有御医十三人，吏目二十六人，医士二十人，医生三十人。这些御医全部是汉人。
太医院的御医，来自全国各地，从各省民间医生以及举人、贡生等有职衔的人中，挑选精通医理，情愿为宫中效力的人，量材录用。如在康熙年间，同仁堂的创始人乐显扬就曾担任太医院吏目一职。此外，太医院还设有教习厅，培养医务人材，由御医、吏目充当教习。学习的内容有《类经注释》、《本草纲目》、《伤寒内经》、《脉诀》等专业知识，经过六年寒暑通过考试合格，才能录用为医士或医生。
虽然在康熙年间已有西药进入宫廷，以后历朝也引进了西医、西药，但太医院主要是以中医、中药为皇帝和妃嫔诊脉开药。康熙三十三年（１６９３），康熙因患疟疾，就服用过法国传教士洪若翰送的金鸡纳，也叫奎宁。光绪二十四年（１８９８）九月初四日，法国驻华公使馆多德福医生也曾为光绪诊病开药。尽管如此，在绝大部分时间里，他们从骨子里还是相信中医、中药。正因为如此，中医、中药始终是太医院的主导医疗手段。我们给大家讲述的御医、御药基本上就是中医、中药。
太医院按医术分类设科，清朝初年为十一科，康熙朝和并为九科，分别是：大方脉、小方脉、伤寒科、妇人科、疮科、针灸科、眼科、口齿科、正骨科。同治、光绪时期，又合并为大方脉、小方脉、外科、眼科、口齿科五科。各科都有专科医生。
太医院御医，日常在紫禁城内东墙下的待诊处轮流值班，随时听候太监的召唤，为皇帝、妃嫔看病、配药，同时，也担负一些其他与宫廷有关的医疗事务。这是其主要职责。此外，太医院还承担王公、公主、驸马以及文武大臣等的医疗服务，这些人遇有疾病，太医院奉旨派医官前往，并将治疗经过向皇帝奏报。在外地的公主、驸马及台吉大臣有病，也得奉旨携带药品前往诊视。军营、文武会试，就连刑部大牢囚犯得病太医院也要派人前往应差。
记录皇帝病情的宫中脉案
清朝太医院，御医的医事活动，无论在宫中，或在宫外，凡是经过他们诊治的人，都有专门的档案纪录诊治情况，如《脉案》、《病源》、《用药底簿》等等。这些档案类似今天的病历。中国第一历史档案馆现存的清代宫廷医案，总数约有四万件。但是这些病案一直被深藏宫中，究竟皇帝、皇后及其妃嫔等怎样看病，御医又如何为他们施药护理，等等，一向是神秘莫测的。
这些档案的内容包括皇帝、皇后、妃嫔、皇子、公主、太监、宫女以及部分王公大臣的原始诊病记录、配方密本、御药房的各项记录，皇帝有关医案的朱批，等等。皇帝或皇后起居注及历朝实录、内务府抄件、历朝名臣文集笔记，也大量记载着皇帝及宫中重要人物的治病过程。同治皇帝患天花，从发病到病死，二十六天记录成册，无任何遗漏。如同治十三年（１８７４）十一月二十七日的医案中详细记录了御医李德立等共同会诊“外用熨洗”法为同治皇帝进行治疗。所开出的药方是：“木香一两，当归一两，肉桂五钱，生附子五钱，川贝五钱，草乌五钱，苍术五钱，断龙骨五钱，白芷一两，山甲五钱灸，乳香一两，透骨草一两。”效果如何，我们姑且不去管它。
按清宫的规定，给皇帝看病的御医都由御药房太监带领，先给皇帝问过圣安，然后才能把脉、问病、开方，开好的药方，要与太监一同去御药房取药，药方的内容和御医、太监的姓名，都要记录在案，并抄写所开药方的药性、治疗方法，并署上御医、太监的名字，进呈皇帝御览。然后登记入册，并由专人保管，作为凭证，以备查考。溥仪在《我的前半生》中说：“按照常例，皇帝得病，每天太医开的药方都要分抄给内务府大臣们每人一份，如果是重病，还要抄给军机大臣一份。”这些药方大多都保存在中国第一历史档案馆内务府、军机处等档案全宗中。
不仅如此，如果皇帝患病，医治无效，以致死亡，就是所谓“龙驭上宾”，御医及其相关人员就要受到处分。