同仁堂不仅供应御药房生药，后来它的丸散膏丹配方，也被抄录宫中。现在中国第一历史档案馆还保存有光绪十一年（１８８５）六月初四日《同仁堂丸散膏丹配方》一册。全书首列碧云散，尾载益寿比天膏。其中有内科配方朱砂安神丸等七十四种，外科配方生肌散等四种，妇科配方七制香附丸等四十六种，儿科配方烂积丸等六种，伤科配方黎峒丸等两种，喉科配方清咽利隔丸等三种，眼科配方黄连羊肝丸等九种，共计一百零二种。各方中之药味、重量、配制方法，都一一分别标明。这应该就是人们所说的清宫秘方。有意思的是，也许因为该药号的诚信，除药物之外，有时甚至连宫中笔墨、纸张等用品也让他们承办。
各处送来的药材，由御药房管理药库的官员验收后，存放生药库。药材合格经验收官员签发单据，药商才能到户部领取银两。生药库收到药材后一律交管理药库医官查验，经过挑选交给御药房，再由医生炮制备用。买办药材和发放药品名称，药房领用纸张银两及配方等，在御药房医药档案中都有详细记录。
中药材中的不少种类要经过炮制以后才能入药，没有炮制前叫生药，炮制的好坏，对药性影响很大，弄不好治病的效果会大打折扣。这少不了又有相应的制度与规定，来保证炮制的质量，因此选药地道，炮制得法，制作精细，所谓“炮制虽繁，必不敢省人工；品位虽贵，必不敢省物力”的原则在宫廷中得到无以复加的体现。中药的炮制有的是在紫禁城的御药房进行，有的是在供药商号进行。
为了保证炮制的质量，按照宫中御药房的规定，同仁堂派有专人承办内廷用药这一皇差，承办人持有内务府颁发的专用“腰牌”，以便随时进出紫禁城。由于有了这份官差，可以进出宫禁之地，又是进奉药物，出不得半点差错，所选之人必须非常可靠，这就要求择人十分谨慎，审查也十分严格。同治四年（１８６５）四月三十日，因同仁堂药商张洪病故，招新商张景云顶替时，由同仁堂担保，送御药房验明身份，才发给腰牌。
伴君如伴虎的御医
清代皇帝、嫔妃日常的医疗与保健，都离不开御医，御医除指在太医院任职的医官外，还应当包括那些地方举荐入京，供奉内廷的名医。他们侍候于君王左右，为“至尊”诊治疾病和日常保健，遇有疑难大症，朝野瞩目，责任极重。可是清代历朝皇帝、妃嫔大都养尊处优，每餐必膏腴杂陈，脯醢并存，像这样的生活方式，自然有损健康。身贵体弱，得病便不易治愈，反而责怪御医无能。御医进宫供职，有时须对内府官员、太监等施以贿金，如果不这样他们就会从中作梗，处处设置障碍，因此，即使是那些精于医术的太医，由于多方掣肘，也难一展身手。有的偶然幸中，医治见功，虽赏赍有加，荣耀异常，似乎可以平步青云，其实未必。甚至恩赐所得，尚不够贿赂之所出。加上宫禁之中，勾心斗角，尔虞我诈，政治风云，变幻莫测，有时太医则是首当其冲，难以逃脱。一药误投，生死所系，出了事故，要遭杀身之祸。所以有些名医把应召入宫视为危途，甚至闻讯远遁，希望能够一跑了之。真正官运亨通的太医寥寥无几，屈指可数。民间流传着“御医难当”、“伴君如伴虎”的说法，并非虚言，可其中甘苦，人们又知道多少呢？
现仅举数例，御医的甘苦就可略知一二：
（一）宫中治病，皇家对于疗效至为强调。倘若治疗效果不佳，皇帝常予以严词申斥，重则受到严厉惩处。如康熙四十五年（１７０６）十一月二十四日，太医院院使孙之鼎等奉旨治疗正黄旗内大臣颇尔盆痔漏复发症，病势已窜至左右臀，内通大肠，散发一股恶臭，浓血每天可流一碗，病情十分严重。孙之鼎等御医束手无策，只得如实奏报。康熙帝对此非常不满，在孙之鼎所呈的奏折上朱批：“庸医误人，往往如此。”如此一批，御医又如何经受得起。乾隆二十年（１７５５），太医院院使刘裕铎领旨治疗侍卫内大臣伯依勒慎伤寒发疹之症，经过一段时间的治疗，病情加重，刘裕铎急忙上呈奏折报告皇上。乾隆帝闻讯，立即降旨内务府总管大臣王常贵：交给他们一个病人都治不好，你提防着点，去守着他们，看是如何治病的。显然乾隆帝极为不满。又如光绪帝死前一年间，因病情复杂，太医久治不愈，而光绪本人又怨天尤人，时常对御医恶语相加，发泄不满。光绪三十四年（１９０８）他在自述病原中谕示：“近来耳堵鸣响，日甚一日，几不闻声，屡服汤药，寸效全无，名医伎俩，仅止如此，亦可叹矣！”此类恶语，比比皆是，足见光绪帝求愈心情迫切，也说明宫中御医治疗效果不佳时，所受申斥之严厉。显然，宫中对于治病疗效特别强调，御医治疗不能敷衍了事。
（二）清代的皇帝大多以知医自诩，有关的朱批或御旨，在清宫医案中随处可见。对处方用药，动辄指责，太医纵操神技也只得勉为其难，遵旨施治。如康熙四十二年（１７０３）七月十三日，康熙帝在御医张献等人治疗武英殿赫世亨疾病的奏折上朱批：“理气健脾丸药，有补脾助消化之效，着每日早晨将一钱药以小米汤同时服下，想必有益。着由御药房取药试用。除此之外，禁止服用其他补药及人参等。”自然，病后调脾及防止滥用人参均有合理之处，但其论示不合医理，御医又怎么敢不遵旨照办。皇帝开方，也并非全都不合医理，也有凑巧治好顽症的时候，如乾隆十九年（１７５４）闰五月初九日，对医术颇有研究的乾隆帝得知大臣梁九功额头生有一个黄豆大的疮，亲自朱批下药：“着速用黎峒丸。”不久，梁九功就痊愈了。再如光绪皇帝对把脉开药就属于一知半解。光绪三十三年（１９０７）八月的一天，光绪帝在御医给他自己开的处方上写道：“若常用热剂一味峻补，恐前所发之恙复见于今。尚宜斟酌立方，如生地、元参、麦冬、菊花、桑叶、竹茹等清凉养阴之品，每日稍佐两三味，以防浮热时常上溢。”此类光绪帝钦定的药方在其脉案中随处可见，当时不管是否对症，御医也得遵旨使用。
（三）当然，御医进剂获效，皇帝也褒奖有赏，以资鼓励。雍正七年（１７２９）三月二十三日，太医院院使刘裕铎治好了大臣侯陈泰的伤寒病，雍正帝特意降旨：侯陈泰病症难为，经刘裕铎诊治痊愈，着赏记功一次。皇帝有赏，自然有助于日后的加官晋级。可就是褒奖，其处境有时也并非全如人意。给慈禧太后治过病的薛福辰就是一例。薛福辰本是江苏名医，慈禧患病，应召入京。经精心治疗，效果颇佳。慈禧病愈后，特赐“职业修明”四字匾额，赏赐给薛福辰。大功告成，本应载誉回籍，但是“老佛爷”却不准他即时出京，因为在慈禧大病初愈之后，还须旧恙全无，方许报安，这叫做请太平脉，他只得在京耽搁下去。不料其间，小女竟在家乡染病身亡，薛福辰悲痛万分，有言难诉。“伴君如伴虎”这句话，放在薛福辰身上再合适不过了。
近年来，中国第一历史档案馆与中国中医研究院的专家学者对清宫医案进行了深入细致的研究，一致认为：清代御医，大多是医理精通，经验丰富，独具特色的医学家，曾为祖国医学宝库添加了光彩。清宫医案不仅吸收了历代名医经验，而且荟萃了民间验方的经验，是中华民族的宝贵遗产。清代宫廷医疗与保健档案资料的发掘、整理和研究，是开拓继承发扬我国传统医药学的一个重要方面。随着发掘工作的深入，相信必将会有广受欢迎的清宫医案被开发出来，造福亿万大众。
紫宫禁地
在古城北京的中心位置，在清代都城的风水线上，一座宏伟瑰丽、肃穆壮观的“院落”安详又威严地矗立在那里。历经了数百年的风风雨雨，见证了人世间的兴兴衰衰，“几度夕阳红”的她“青山依旧在”。这个曾经既神秘又神圣的“院落”，就是明清两朝皇帝的宫室、“天朝”的心脏——紫禁城。
紫禁城（今北京故宫博物院），又名宫城、宫廷（庭）、大内、皇宫、禁城、禁廷等，始建于明永乐四年（１４０６），建成于明永乐十八年（１４２０），历时十四年。占地近八十万平方米，筑房约八千多间，是世界上现今保存最完整、规模最庞大的古代宫殿建筑群。这里，居住过从明成祖朱棣（永乐皇帝）至清逊帝溥仪（宣统皇帝）两朝共二十四位皇帝，统治中国长达五百年之久。紫禁城缘何而得此名呢？据文献说，“紫禁城”含义有两层，其一缘于“紫微正中”理论，即在我国古代，天文学家经过长期观察发现，紫微星垣位于中天，位置永恒不变，于是就认为这是天上帝王的居所，因而也把天上帝王所居的天宫称之为紫宫；而古代皇帝在人间至高无上又自称“真龙天子”，所以就把自己居住的皇宫也称为紫宫。其二，在封建社会，皇帝居住的地方，四周都有高高的城墙圈护着宫殿，警卫密布、戒备森严，一般人绝对不能靠近皇宫，就连朝廷命官、王公大臣出入也有十分严格的规制。紫宫禁地，紫禁城因此而得名。斗转星移，日月轮回，明亡清继，禁城依旧，但是，“紫宫”真的就是“禁地”吗？
清朝，自顺治元年（１６４４）迁都北京至宣统三年（１９１１）灭亡的二百六十七年间，先后有十位皇帝一直以紫禁城为皇宫（宣统皇帝于１９２４年被逐出宫）。