在抵御侵略的战争中，清朝的统治集团中经常出现对立派别。第一次鸦片战争中有以林则徐为代表的主战派和以琦善、穆彰阿为代表的投降派，最后是投降派在道光皇帝支持下占了上风，使清朝在这次战争中失败；收复新疆的战争有李鸿章为首的只顾海防，不顾塞防派和左宗棠为代表的既重视海防也重视塞防的一派，最后左宗棠的观点为清政府采纳并取得了战争的胜利；中日甲午战争中有以慈禧太后为首的后党避战求和派与以光绪皇帝为首的主战派，清王朝在战争中失败，但这不是战之罪，而是不善战之罪；八国联军进攻中国，慈禧太后为发泄个人私怨，贸然向八国联军宣战，光绪帝和地方督抚主和，最后清朝在战争中失败。
关外时期，努尔哈赤、皇太极从《水浒传》、《三国演义》学到不少军事理论。黄道周《博物典汇·四夷附奴酋》卷二十：努尔哈赤“好看三国、水浒，自谓有谋略”。皇太极还让达海翻译《三国演义》，颁发给将领学习。军事家有努尔哈赤、皇太极。
清代前朝的兵书主要有：《乾坤大略》，王余佑（1615-1684)作，阐述了如下军事思想：一、速战速决；二、选择正确的战略进攻方向；三、以决战为上。《回治平胜算全书》，年羹尧（1679-1726）编。阐述的主要军事思想是：一、重视军事训练；二、重视了解敌情；三、重视占领有利地形；四、根据不同情况采取不同作战方法；《读史方舆纪要》，顾祖禹（1631-1692）著，这是一部军事地理书。此外还有《洴澼百金万》，惠麓酒民编；《将略要论》，刘连城编；《戊芨谈兵》，汪绂编；《兵迹》，魏禧（1624-1681）编。军事家有多尔衮、康熙、施琅、乾隆、傅恒等。
晚清军事著作主要有：《海国图志》，魏源（1794-1857）著，介绍各国历史、地理，谋划整军经武；《平海心筹》，林福祥（1814-1864）编，介绍“毒烟喷筒”等13种火器，还在战略方针上提出了战、守、和三策；《洋防说略》，徐稚荪著，阐述海防建设。此外有介绍西洋武备知识的著作，如《中西武备新书》、《兵学新书》，还有介绍西方军事训练的著作，如《训练操作详晰图说》、《战法学教科书》。军事家有曾国藩、李鸿章、左宗棠、袁世凯等。
清朝军制
清朝先后有8支武装力量：八旗兵、绿营兵、湘军、淮军、防军、练军、海军和新军，兵制经历了传统军制（经制兵）到勇营制（湘军、淮军）再到传统军制（防军、练军）到近代军制（近代海军、新建陆军），装备由冷火器到火器的过程。下面逐一介绍八旗兵、绿营兵、湘军、海军和新军的创建、性质、特征、建制、装备等情况。
八旗兵
弯弓射箭的清朝士兵八旗兵是经制兵，为努尔哈赤所创，起自兵民结合、军政结合、耕战结合的八旗制度。旗是满洲军制名。明万历二十九年（1601）努尔哈赤在牛录的基础上形成。牛录是女真在氏族、部落阶段出师、狩猎当中形成的组织形式。原来每牛录10人，万历二十九年扩为300人。万历二十九年设立四固山，固山就是旗。每旗含5甲喇，每甲喇为5牛录，分别使用黄、白、红、蓝4种旗子，因而是四旗。四十三年（1615）扩为八旗：在原来的黄、白、红、蓝4旗的基础上增加镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗。旗主由努尔哈赤的子侄充当。皇太极时期又扩为二十四旗，即加上蒙古八旗和汉军八旗。二十四旗中起核心作用的还是满洲八旗。八旗每旗指挥人员设都统（固山额真）1人，副都统（梅勒额真）2人，参领（甲喇额真）5人。牛录的统领是佐领（牛录额真），佐领居参领之下。二十四旗在习惯上还是称八旗。
八旗在开国时期有亲军营、护军营、前锋营、骁骑营、步兵营5个兵种，入关后又增加圆明园护军营、火器营、键锐营和神机营。
八旗制度是军事制度、经济制度和行政制度。作为军事制度，八旗中每个1660岁的男子战时随时准备披挂上阵。所以八旗兵世代军籍，实行世兵制。
八旗兵入关后约20万人，分为京营和驻防两部分。京营旗兵驻京城四周，保卫皇宫和京师，主力是骁骑营、步军营和护军营。驻防八旗分驻各省要冲地点。京营八旗与驻防八旗人数差不相当。
八旗兵擅长骑射，装备主要有战马、云梯、大刀、盔甲、弓箭、配刀、藤牌、鹿角、鸟枪、红衣大炮等。蒙、满八旗善骑射，平旷作战是他们所长；汉军八旗善火器，围城攻坚和水上作战是他们所长。
绿营兵
绿营兵是入关后改编明降卒与招募汉人而成的地方军（但东3省不设绿营），为多尔衮所创。他考虑旗兵太少，不足以控制全国。因使用绿旗，故名绿营或绿旗兵。绿营也是经制兵。
绿营兵源，开始实行招募制，后来转向世兵制。
绿营除少数配合驻防八旗拱卫京师以外，绝大部分都驻扎在各地，维护地方安全。在京绿营统一由八旗步军统领，地方上的绿营由地方长官统领，因此绿营在地方上的最高军事长官是总督，没有总督之省则是巡抚。操练和征战由提督和总兵负责。
绿营分陆营和水师两个兵种，各有马兵、步兵、守兵3个等级。绿营总人数一般保持在60万人左右。绿营的驻军组织有标、协、营、汛4级。总兵以上的官员率领的绿营兵叫标兵。因此，标有督标（总督统辖）、巡标（巡抚统辖）、提标（提督统辖）、镇标（总兵统辖）、军标（成都将军统辖）、河标（河道总督统辖）和漕标（漕运总督管辖）。后3标与前1标（督标）相并列。标下是协，由副将统领。标兵是绿营的主力。协下是营，由参将、游击、都司、守备分别统领。营下为汛，由千总、把总分别统领。总督除管督标各营外，还管本区内巡标、提标、镇标诸标，而巡抚没有管辖提标、提标诸标权。
绿营以营建制。各标均以营为基本单位。营的统领是参将、游击、都司和守备，地位与州县官相当。
绿营兵多步兵，常用武器有刀、枪、矛、箭，还有鸟枪、铳枪和抬枪，也有大炮。待遇比八旗则差很多。
绿营始于顺治朝，名为60多万，但缺额六、七万。同光时屡裁，但与清朝相始终。
湘军与淮军
湘军起于团练、乡勇，是咸丰朝由曾国藩创建的军阀武装，后来成为清朝正规军，镇压了太平天国起义，后来在甲午战争中为日军摧毁。
曾国藩于咸丰二年受咸丰帝之命以罗泽南、王鑫团兵为基础组织地方武装——团练。开始叫湘勇，后来称湘军。他用明戚继光和嘉庆时浙江人傅鼐之法训练。三年春，曾国藩增募3000兵，并派罗泽南率兵赴南昌救受太平军围困的江忠源。鉴于太平军有强大水师，除陆师外曾国藩又在咸丰四年建立了水师，船240多艘，水勇5000人。
湘军实行募兵制，在选将、招募、教育、编制、训练、武器、饷源上与绿营不同。
选将、募勇原则和将士之间的关系：将有治军之才，不怕苦，不怕死，不汲汲于名利。士兵要朴实，并有全家担保。将士之间实行家长制：兵为将有，士兵服从营官，营官服从将领。将领服从曾国藩。
湘军陆师13营，每营500人。下设4哨，哨辖队，1哨有1至8队，1队10人。陆师共有5000余人。水师10营，每营开始440人，船21艘，后来500人，船30艘。1营30哨，每船1哨。水师5000人。马军1营，分5哨，每哨5棚，1营250人。
水陆师指挥员加上战斗员，再加上水手、丁役等，全军共17000人。攻打天京时总兵力达到12万人。
湘军装备：刀、矛、抬枪、劈山炮、小炮、鸟枪、船（长龙、舢板、快蟹）、马匹等。
教育、训练：用儒家思想教育，严格训练，虽酷暑寒冬不松懈。弁勇要求能跳上丈高之屋，跨过丈宽之沟，火球能掷20丈之遥。
湘军军饷自酬，实行高薪饷，比绿营多1倍有余。兵饷名义上是自筹，实际上一靠捐输，二靠各省督抚支援。
与绿营比，湘军有很多方面不同。绿营归兵部指挥，实行世兵制，湘军不归兵部，听从曾国藩一人，实行招募制，士兵选择严，质量好，训练艰苦。绿营吃国家粮，武器由国家提供；湘军的薪饷自筹，武器先进，刀矛与火器并重，水师装备洋炮。绿营腐朽，没有战斗力；湘军蛮横，敢拼。绿营饷薄额多，湘军饷厚额少。以普通士兵的薪金作一比较：魏源《圣武志》卷十一：“绿营兵饷之制，京师巡捕三营，马兵月给银二两，步兵一两，皆月米五斗。各省镇标，马兵月饷银二两，步兵一两五钱，守兵一两，皆月支米三斗。”湘军勇丁4.2两。
淮军是李鸿章奉曾国藩之命为镇压太平天国而于同治元年初在安庆组建的军阀武装。李鸿章招募3500人，曾国藩拨给3000人，共6500多人。同治四年发展到六、七万人。编制模仿湘军，不同的是淮军在装备方面优于湘军，洋枪洋炮多，并且采用洋操。