一件是药材的管理，对于各地进贡来的药材、药品，要根据质量优劣进行分拣，礼部也会派官员来监察药材选拣的过程。分拣后进行详细登记入册。
第二件就是随时听从宫内差遣，给帝后们诊治。明代给皇上皇后治病已经形成一套流程，大病小病都照此执行。诊脉时，先由值班的太医院院使或院判诊脉，接着再由值班御医诊脉，之后发表各自的诊脉意见，大家一起拟定一个处方，处方上将药帖连名封记，药方下要写明本方的药性、治疗病证的效果等等。
第三件事情就是根据药方监督御药煎制，在御药制作时，要有太医院院官和内臣一同监视，做好后每剂药都分成两付，其中一付先要由御医、院判、内臣三人尝过之后，没有问题，才将另一付进献给生病的皇上，这一系列的诊治、制药过程，都要在专门的医簿上做详细的记录，这些记录由所有参与诊治及制药、尝药过程的医官、御医、内臣签名后，加盖“中书省印合缝”，以备查考。如果皇上服用后，治疗效果不佳，这些医簿上记录的相关人等就会招致麻烦，甚至惹上杀身之祸。
所以，每天基本上所要做的三件事并不是很复杂，但是每一件事情都是跟皇上的性命相关，好则万事大吉，加功行赏，坏则严惩不贷。因此，到宫中当值做御医是荣辱未卜的事情，尽管当时进入宫中的御医都是经过礼部在太医院的严格考试，优等者才能有资格到御药房轮值，但是大家也都明白，进入宫中当值，所担当的责任之重大也是非比寻常的，所以也有一些人为了保全性命，宁可放弃进宫做御医的机会。
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后宫医疗各就各位
在明代直接为宫廷服务的医疗机构划分很细，宫中每个医疗机构都承担着不同的职责，为宫内除了帝王之外的人员服务。
典药局是为皇太子服务的。明洪武年间设立，其中设郎1人，丞2人，内使10人，另有司药、典药等医官。典药局的御医也是由太医院推举医士，吏部审定后来任命。太子是皇权的继承人，明代有过多次的太子争夺皇权的事件，因此太子的安康也十分重要，典药局所负责的事情和规则基本上都与御药房一致，只是服务的对象有所变换而已。
明初的时候，在后宫设了六局，其中由尚食局来负责后宫医药。内舍有司药2人，典药2人，掌药2人。负责的人员都是女医官，明永乐后才改为太监充任。当时对女医官的管理也很严格，其中有一条格外突出，就是规定女医生进入宫中为后宫诊病必须验身，检查是否怀孕。这个规矩是慈圣皇太后时期定的，当时发生了一件事情，慈圣皇太后患眼疾，让医妇刘氏、彭氏入宫，因为治疗效果不错，就把她们留在宫中。彭氏当时已经怀孕，为了贪图皇太后的奖赏，于是一直隐瞒不报此事，后来竟然把孩子生下来，并将孩子淹死。这件事情哪里能瞒得住，不久就被人发现并上报了皇太后。这种事情本来应该处以死罪，但是慈圣皇太后因彭氏治病有功，于心不忍，就没有杀她，而是打了三十大板，降职到礼仪房。从此以后宫中就立下了进宫女官要进行验身的规矩。
为后宫所设的医疗机构还有安乐房、月子房等。安乐房分为内安乐堂和安乐堂两种。安乐堂为宫内太监治病，内安乐堂是为宫内嫔妃治病养病的场所。设有医官3名，医士36人。医士由太医院派遣，药材也由太医院负责统一配给。安乐堂确切地说就像一个养老院，宫内的嫔妃年纪大了，生病多了，就会被送到这里休养，如果身体状况十分差，无法救治，就会送到浣衣局，这里算是宫妃们的终老之地，死后会在西直门外设的净乐堂火化。在明代宫内嫔妃的归宿都有制度管理，一方面体现了对待后宫的人性化，另一方面也是防范宫中的帝王私密之事外泄，所以进入宫中的人员想自由出宫基本上是不可能的。
明代对于后宫嫔妃的生育更为重视，专设的月子房就是供后宫嫔妃生育时进行医疗保健的专用场所。对于生育也制定了制度，每年明朝廷要派人到各地挑选奶口(乳媪)、稳婆、医婆，挑选都要经过复杂的程序，家庭情况、身体情况等等都要考察清楚，符合宫内各项规矩者，才能够入宫。奶口就是奶娘，最为重要，如果她乳养的皇子长大荣登皇位，那奶口也会与荣俱荣。经过挑选后，挑出的40名奶口会先送到锦衣卫的奶子府集中起来，提供很好的居住环境和丰富的饮食，让她们精心保养，以保证奶水的充足和质量。另外还有80名是候补奶口，也叫做点卯奶口，她们随时补足宫中奶口不足的空缺。没有得到传唤的，会被发遣回家，这时又会选新的奶口再补充进来，这样，始终能随时根据宫中的需要提供有充足奶水的奶口。稳婆和医婆则是专门负责给宫中后妃接生保健的女医，稳婆主要是要从民间挑选接生技术好、品行好的人来充当，除了负责宫中嫔妃的接生之外，稳婆在挑选奶口时也要对奶口进行例行的身体检查；宫中选宫女时，稳婆也负责检查宫女身体及检验是否是处女等。医婆则是负责料理产妇的身体，她们要精通医脉，知道产后如何保养，饮食及卫生禁忌等，帮助产妇尽快恢复。这群特殊的女医们在月子房里保证宫内嫔妃的生育，为王室传宗接代所起到的作用也是不可忽略的。
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一代为医，代代为医
受到元代世袭制度的影响，明代也继承了这种世袭的制度。明政府将户口分为民、军、医、儒、灶、僧、道、匠等，规定每户必须子袭父业。就是说一旦被划归医户，那么他的子孙就必须世代行医，只有残废或年逾七十不能行医了，才可以退休。这种医户制度，虽然在一定程度上保证了各家的医术能够代代相传，但是却很大程度上限制了医学人才的发展，甚至在后来的科举考试，医户也不能参加，医户的发展仅被局限在医业之内，想做官都难。这种医户世袭制度的弊病日渐显现，在明末终于被废止。
医户世袭制度对明代医学人才的补充还是有所作用的。虽然医生在明代地位不高，但是明政府还是给予了一定的重视。在制度上后来也有所宽松，增加了医户子弟进入仕途的途径。一条是在太医院增设了医学，挑选各地医户子弟中的优秀人才进行培养，不过人数很少，因此竞争十分激烈，入选后学成的学生就能够进入太医院任职。另外一条是明代在各地也兴办医学，鼓励医户子弟入学深造，以备朝廷不时之需。
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御医选拔三条路：考试、推荐和捐钱
对医学人才的选拔都是通过考试、推荐及捐纳钱财免试为官。考试有针对入选太医院学生的，有针对医士的，还有针对医官升补的。太医院学生学习期满后考试合格，可以在太医院做医士，如果不合格，就重新学一年再考。如果三次都没考核通过，就会被退学。医士考核是针对各地医学学生进行的选拔，这里除了医学世家的可以参加，另外一些受到推荐的精通医业的人也可以参加。太医院里的医官升补考试主要是御医、吏目的升补，吏目由医士升补，御医由吏目升补。升补的条件都非常严，比如医士升御医，医术优异者，在内廷做满3年，或者外派工作满6年，可以考试升补御医，后来又改为内廷做满6年或者外派满9年。而御医升做院判，要做满9年，如果有空位才可以升职，没空位则规定暂不升职，但可以升俸。
推荐选拔是当时选才最主要的方式，推荐的人选经过朝廷考核，有时帝王可能还会亲自过问，之后可以进入太医院。明初的唐毓、徐富等都是因名而被举荐进入太医院的。洪武年间，吴彦高因为治愈了皇上的疾病而受宠，进了太医院做官。明代最有名的是戴思恭、盛寅、许绅、吴讷等人，其中许绅曾经做到工部尚书一职，官至一品，可谓御医史上的奇迹。而另外3人也是做到太医院最高院使。
明代还实行了捐纳钱财为官的方式，这种方式，慢慢导致了不良风气的出现，浑水摸鱼的现象屡见不鲜，很多人利用不正当的途径希望升迁，使得一些在民间通过世袭家学潜心研究医术的人才难以出人头地。
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好药源源上贡，香料最吃香
明代社会经济相对稳定，而且科学技术也在不断发展，医学在明代也得到了较快的发展，并且明代各类医家都非常重视药物学的研究。为了保证为王室保健服务和进行医学研究的宫廷用药，明代对全国的药物产出、采集、纳贡、贮藏、调拨等等都做了明文规定。御药房下设的御药库和太医院下设的生药库，都是专门从事药品收贮的机构。生药库主要是为普通民间医疗机构的惠民局之需而建，收集的药材主要用于惠民局药局向民间贫困病人施药以及遇到天灾瘟疫的时候发放防病药品。
上贡药品的来源都是各地进贡的地道药材，中央对各地的药材每年征收一次。比如浙江的紫菀、江西的香蒲、湖广的贝母、白花蛇、朱砂、麝香，四川的附子、天雄、犀角、琥珀，山西的苍术、辽东的人参等，对这些地方都有规定数量的进贡标准，必须按时按量上缴。为此，各地的药农因为如此沉重的上贡负担十分不满，为安抚民心，明朝采取变通的方式，把贡药的十分之一折成银两作为给药农的酬劳，这种方式在一定程度上缓解了药农的怨愤，不过明朝对上贡药品的需求量日益加大，这点酬劳加上再被地方官吏层层克扣，药农依然是苦不堪言，而宫中的用药就是靠着各地的不断上贡才得以保障。