地球上的生命总共分为三类，一种是勤劳的“生产者”，它们负责利用太阳能合成生物质。各种植物和藻类体内的叶绿体进行光合作用生产地球上绝大多数的生物质，给地球上的生命提供了源源不断的能源——煤炭、石油、天然气等，还有我们和食物链底层动物吃的食物，以及我们所穿的衣服。它们供给了人类的衣、食、住、行，用衣食父母来形容它们一点儿也不过分，这么看来“地球母亲”主要是指它们。
第二种就是像人类这样的“消费者”了，这里说的不是“花钱买东西”这样的消费者，而是指从维持生命运转的能量来源上看，自己不能生产“能量”，只能从“生产者”那儿获取。人要吃饭，牛要吃草，地球上的动物，有一个算一个都是能量的消费者，都必须依靠“生产者”生活。人类是这群消费者中最“财大气粗”的，为了生存消耗的能源最多，并且最多的能源消耗并不是为了维持生存，而是为了获得更高的生存质量，汽车、火车、飞机等超高能耗的交通工具跟生存本身没有半毛钱关系。论消费能源，人类是任何其他动物都比不了的超级消费者。
第三种就是“分解者”，地球上的各种微生物，它们就像地球的“大管家”一样负责物质的分解和转化，生产者生产的东西没被“消费”怎么办？分解者来消化分解，把它们再转化为可以被生产者利用的物质。森林里的落叶没有堆积成山就是微生物们的功劳。植物分解成的营养被植物再利用，中间还缺乏一些营养，主要是氮元素，而氮元素在动物身上比较多，不用担心，动物死后也会被微生物分解后回归土壤，与植物分解的物质一起再次被植物生长所利用，它们三者之间形成了非常好的物质和能量循环，一个好的生态系统一定是这三者配合良好，并且比例适中。然而，人类的参与会将三者的平衡打乱，种地就是人类破坏这个循环过程的做法之一。
养好菌，种好地
当人类从自然采食和狩猎转向农业生产时，就不得不开辟一片土地，把原本生存在这片土地上的生产者除掉，种上少数的几种作物。开始的几年，借助土壤里分解者千百万年积攒下来的养分可以维持较好的产量，由于作物（生产者）采收后秸秆和粮食都被人类收走了，秸秆喂了牲口，粮食喂了人，没有东西留给分解者了，也就不会再有养分回流到土壤。等原有的养分消耗殆尽，分解者“饿”死了，生产者缺乏养分也不能高产了。
聪明的人类找到了一种方法，专门给土壤添加养分，问题不就解决了？于是，肥料出现了！最早的肥料可能就是动物粪便了，也就是动物分解生产者后的废物，也是被肚子里的微生物分解过的产物，但是里面氮肥含量太高了，养分不均衡，生产者还需要植物来源的养分。很多年前农村使用的有机肥——沤肥就完美地解决了这个问题，里面既有植物也有动物的排泄物，还有非常多的微生物，沤肥的过程就是分解者工作的过程，物质得以转化。
然而，沤肥的量太少了，还十分费时费力，满足不了大规模农业生产的需要，这时候化肥出现了。完全不需要分解者再去费力干活，直接把生产者需要的养分补给它们不就行了。化肥虽然简单高效，但是忽视了一个重要问题——没考虑给分解者吃什么！分解者需要的食物是动植物的“尸体”，长时间给土壤使用化肥，分解者没有了食物，没有了活儿干，生存会越来越困难。分解者越来越少，土壤也就慢慢没有了生命力。长时间使用化肥的土壤多年以后会板结，缺乏营养，再好的化肥也比不了分解者产生的养分丰富，时间长了产量一定会慢慢下降，一旦不用化肥产量将急剧降低。
聪明的农民总是善于利用分解者，时不时也要照顾一下它们的心情，种地时除了使用化肥外，也要合理使用有机肥，给它们点食物，让它们有活路，物质的循环才得以顺利地进行下去——这样生产者和分解者才能紧密配合起来，生产出质量上乘的粮食供消费者使用。生态农业、循环农业和有机农业模式就是充分考虑了分解者的利益，而不是眼睛只盯着生产者，只考虑作为消费者自己的利益，所以，这些农业生产模式是可持续的，也是未来农业的发展方向。
在一些地方，农民们已经开始秸秆还田了，作为农业副产品，如果农民不再养牲畜，秸秆的最好归宿就是回归土壤，交给分解者来处理。大规模的农业生产一定要考虑分解者——微生物们的利益。
假如，微生物消失了
假如有一天，地球上的微生物消失了，或者它们罢工了，那么地球上将尸骨遍野，杂乱无章。没有了微生物的分解，所有动植物的尸体都将维持原样。不仅如此，动物们吃下去的食物因为没有微生物的帮助无法被“加工”成寄主需要的营养物质，土壤中可被植物吸收利用的氮元素也越来越少，最终，所有的动植物在离开了微生物的帮助后都将面临灭亡。离开微生物的世界将不再是正常的世界，而离开我们人类的世界，只要有微生物存在，仍将正常运转。
假如人体的微生物消失了呢？跟地球上的所有生态系统一样，人体也是个生态系统，微生物仍是人体里的分解者，食物来自生产者，人还是消费者。在人体的体表和体内，分布着数万亿个微生物，这些细菌、真菌、病毒和原生动物比人体自身细胞数量还多，并且它们编码的基因数量比人体自身的基因数量多数百倍。作为分解者，微生物能做的事情可能远远超乎我们的想象。然而，人类对人体微生物的探索才刚刚开始，就像宏观世界一样，人类探索宇宙的活动进行了多年但仍有很多未解之谜，人类对微观世界的认识亦然。我们对人体微生物的认识和了解只是冰山一角，还有大量的谜题等待人们破解。
对照上面提到的生产者、分解者和消费者之间的关系以及农业生产过程，如果把人体比作农业生产过程的话，我们的身体就像土壤，健康将是这片“地”的产出，分解者仍是微生物。我们该如何提高产出呢？这将是这本书主要探讨的问题。可以预见的是，人体的微生物消失或减少了，也会像土壤失去微生物一样，导致我们的身体出现“板结”和“贫瘠”，缺乏活力和生命力，最终导致产出受到严重影响，身体的健康状况自然不会好。当然，人类很聪明，为了维持身体健康，医药研发人员、营养和食品学家开发了多种多样的营养品、食品和药品，然而，这些东西就跟农民使用的化肥一样，只是解决了产量问题，并没有解决物质和能量循环问题，没有考虑身体里的分解者——微生物的需求。
如果你是管理人体健康的“农民”，该如何去做呢？