能进入人体并定居的细菌一定不是等闲之辈，也不是所有的微生物都能在人体定殖。人体内的菌和猫狗体内的菌是不同的，而且不同的人体内的菌也是不一样的，但人类之间的菌群始终是最相似的。概括出一句话就是“物以类聚，菌以群分”，进化距离越近，体内的菌群也越相似，即使同处一室的猫和狗，它们体内的菌也会不一样。
人与菌的双向选择
菌和宿主就像两个人搞对象，相互看对眼了才能最终走到一起。人体能定植的菌都是经过人体和细菌双向选择过的。在相互选择的过程中，人类选择细菌的方式很多，人体为了获得自身需要的、好的细菌定植精心设置了重重考验。
第一重考验就是化学考验，唾液和汗液中大量的抗菌物质以及胃酸和胆盐等都可以抑制微生物的生长，只有不被这些化学物质杀死的微生物才能被人体接纳。
第二重考验是物理考验，人的皮肤和体内的黏膜给微生物黏附设置了层层物理屏障，只有那些可以依附到黏膜层的微生物才有可能被人体委以重任。
第三重考验是生物考验，免疫细胞会分泌特异性的免疫球蛋白，专门识别和控制细菌的进入及黏附，一旦某些微生物被免疫细胞识别为“异物”，它的小命也就到头了，而那些被免疫细胞识别为朋友的微生物则会被放行，甚至，还会有专门的细胞负责引导它们到人体特殊的部位开展工作。
能在人体定殖的微生物都是克服了人体这些考验的种群。就像找对象一样，其实微生物和人体的选择是双向的，这些微生物也很挑剔，人体环境不适合其生存时，它们也不会搬过来，或者搬过来也待不长，住一段时间就又搬走了，是个完全双向的自由选择过程。
“来了您呐，请跟我来！”
微生物进入人体选择的定居位置是不一样的，人体也不是让所有细菌随便住，每个地方的微生物都有自己的生态位。对于那些需要的微生物，人体不会命令免疫系统去跟踪和消灭它，而且还通过一些信号不断地与它们对话，一步一步引导它们到达合适的位置定居。
仔细想象整个过程，人体和微生物的关系就像旅店和旅客。微生物定植的过程很像旅馆的伙计招待客人住店的过程。人体免疫系统就像伙计一样在门口迎接并审视每一个进来的顾客（微生物），是熟客的就恭恭敬敬，客客气气地迎进来，并且派人带到贵宾间（人体的不同部位）；对那些陌生的客人，先要审视一番，仔细盘查一下，看看带没带武器，有没有身份证，盘问一下此行的目的，没问题后才派人安排住处；对于那些通缉在案的坏人，它们直接就扣押下来或者干脆就地正法了。而这些微生物顾客们也很挑剔，进了旅馆也要仔细瞧瞧，评估一下房间卫不卫生，洗澡方不方便，伙食怎么样，服务态度如何，只有各方面都满意了才会住下，如果感觉不满意，它们就另寻下家，毫不犹豫。
人与菌的互惠互利
所有定居下来的菌也很懂得江湖规矩，需要与人体达到双赢才能住得安稳长久。细菌在享受人体提供的生存空间和食物的同时，自然也会感恩戴德地极力回报人体，最起码得交点租金吧。实际上，肠道菌群给人的回报是多方面的。
首先，当有坏人（病原菌）想强行进入“旅馆”实施烧杀抢掠时，肠道菌群能够奋不顾身地挺身而出，一起抵御外来病原菌的入侵。即使有坏人混进了旅馆也不用担心，这些外来的病原菌想要在人体留下来就必须要找到空位，但人体的不同部位都已经安排满了正常菌群，病原菌想要夺取任何一个位置都必须和这里的菌进行恶战，由于本地菌人多势众，大多数情况下都是这些病原菌败下阵来。人体正常菌群在此繁衍生息了很久，粮草充足，朋友众多，而病原菌孤孤单单没有后援，很容易就被打败了。
其次，人体正常菌群一旦定居下来就会在此繁衍生息，那些身怀绝技的菌会想法生产点维生素、短链脂肪酸和氨基酸等营养物质供人体使用；那些没技术但是有力气的菌可以卖卖苦力，帮助人体干点力气活，把人体不容易分解或是分解不了的食物帮忙分解一下；对于那些既没有技术又不愿意出苦力的菌们，它们还可以当当保安，在四周多走走，帮忙看家护院，负责识别坏人，提早预防坏人的入侵，提高人的自身免疫力；对于那些上面的工作都不愿意干，自身长得漂亮，气质非凡，姿色诱人的菌们，它们还可以做点文艺工作，丰富一下大家的业余生活，帮助人体生产一些5-羟色胺、多巴胺等刺激神经系统的物质，活跃一下整体的气氛。总之，微生物们可以为人体做的事情还有很多。
人体就是一个社会
人体就是一个社会，一个完整的生态系统。人体为微生物提供生存场所和营养，而微生物则为人体产生有益的物质，并保护人类健康。人体和微生物都需要做的就是维持整个人体生态系统的平衡，在人体这个生态系统里，每时每刻都在发生着战争——菌和菌之间，菌和人之间，当然也存在着相识、相恋、相爱、结婚和繁殖后代的温馨场景，还会有尔虞我诈、精诚合作、互利共生、共同生活、共同繁荣……
我们每个人的生态系统是繁荣昌盛还是逐渐衰落，这完全取决于我们自己怎么看待和对待我们体内的微生物。
遗憾的是，人类作为最高等的动物，在很长的一段时间里，并没有认识到这些体内微生物的存在，当然也就没有善待和维护好它们。抗生素的滥用，过洁的卫生习惯，不健康的饮食和生活方式都在破坏着人体和微生物长期共进化形成的平衡状态，当这种生态平衡被打破，人体菌群发生紊乱时，人就可能患上各种生理或心理上的疾病。
人体健康必须依赖共生的微生物，我们应该做的是拥抱微生物，而不是拒之千里！