九月三十日（11月2日），两道奏章同时送到两宫太后的手里。一道出自文臣之手，由大学士贾桢与周祖培、户部尚书沈兆霖、刑部尚书赵光联名，一道出自武将之手，作者正是直系兵马护送咸丰帝灵柩的胜保。两道奏章的内容大同小异，都是请求两宫太后垂帘听政并以近支亲王辅政的。
武将与文官都倒向了两宫太后与小皇帝，八大臣的结果可想而知。
然而，自认为在咸丰帝遗诏在手并且已制服两宫太后“女流之辈”的八大臣们自己，却对发生在不远处的一切都茫然无知。
就在两道奏章送达的当天，两宫太后急召众臣会议。辅政八大臣中已先期到达北京的载垣、端华也同时进宫。两人一见太后们竟敢召见八大臣的政敌臣子，顿时习惯成自然地当场向太后发作。结果正好被当众抓住把柄，被以大逆不道罪名抓了起来。随即两宫太后又以小皇帝的名义颁发了一道密旨给正在护送灵柩路上（密云县）的睿亲王仁寿、醇郡王奕譞，让他们立即抓拿肃顺等人。
九月三十日夜，仁寿和奕譞等到肃顺带着两个小妾安寝之后，立即带着大队人马破门而入，将肃顺当场活捉。并且顺理成章地给他加了一项“大孝期间违制寻欢”的罪名。被抓了个现行的肃顺自知死到临头，不禁破口大骂：“悔不该早治此婢（指叶赫那拉氏）！”然而再骂也没有用，他再没有翻盘的机会了。
辅政大臣被捉，毕竟是一件大事，何况他们也多年经营自成帮派。两宫太后和奕担心夜长梦多，仅仅过了六天，处理结果就出来了：载垣端华自尽，肃顺处斩。
这场政变，两宫太后和恭亲王奕取得了胜利。十月初九（11月11日），六岁的小皇帝载淳于太和殿登基，八大臣定下的“祺祥”年号被废除，“同治”年号诞生。两宫太后则得到了垂帘听政的权力。至于恭亲王奕更是炙手可热，同时兼任议政王、首席军机大臣、宗人府宗令（爱新觉罗氏族长）。奕的亲信大学士桂良（奕老丈人）、户部尚书沈光霖、户部右侍郎宝鋆同时兼任军机处大臣，鸿胪寺少卿曹毓瑛则成为军机大臣上行走。就连奕年仅六岁的女儿，都于当年十二月被西太后收为养女，封为“荣寿固伦公主”，享受皇后嫡女的待遇。
然而，两宫太后、尤其是西太后，并没有忘记奕是自己丈夫咸丰帝的最大政敌。在为了眼前政治利益厚待奕派的同时，精明并富于政治眼光的西太后已经在预防奕有朝一日成为“肃顺第二”的可能，开始为自己收服人心。肃顺等三人死后，在奕主持的王大臣会议上，辅政八大臣所剩下的五个：景寿、穆荫、匡源、杜翰、焦佑瀛原本是被议定为“革职发配新疆”的，这个议案却没能过得了西太后的关。她免去了此五人发配新疆的处分。除此之外，她也没有大搞株连，连内宫中原本帮着八大臣欺负寡妇太后的太监，她也只处分了十余人，还将肃顺等人家中抄得的书信及帐薄统统“公开焚毁，毋庸呈览”，为两宫太后赢得了“恩泽惠下”的名声，轻易地得到了众王公大臣对太后垂帘的心服口服，并迅速使太后成为能与奕派相抗衡的一股政治力量。
掌握权力，对东太后慈安来说只是生活的保证，并不是生活的内容，而且她对政治也没有那个精力和兴趣，理政对她来说是个苦差事。虽然两宫太后同时临朝，但是送呈上去的奏章，却几乎都是归西太后叶赫那拉氏批阅的。时间长了，西太后手里掌握的权力便越来越大，而两宫太后与小皇帝之间则以慈安太后更为亲近，而慈禧与亲生儿子同治帝之间的母子之情却越来越淡漠。形成这种局面的原因有很多，并不仅仅是因为西太后热衷权力，而是与清王朝的宫廷制度大有关系。
在东太后钮祜禄氏面前，西太后叶赫那拉氏在宗族间的地位仅仅是个妾室，她所生的儿子首先是要认东太后为母的。按照清宫规定，所有的皇子公主出生之后不能留在生母身边，而是要立即交给指定的保姆奶妈谙达养育，从此以后与生母只能在指定的时间偶尔短暂相见，见面时也要摆出接人待物的外交架势，一言一行都必须合乎礼制。母子间是没有什么培养亲情的可能的。同治帝幼冲即位，倒是经常能与母亲们见面，但在嫡母和生母间，慈安太后做为咸丰帝的嫡妻，更有资格抚养和接近小皇帝，叶赫那拉氏虽是生母却为庶室，是必须将这些机会让给丈夫正妻的，同治帝自然更亲近嫡母。这也就埋下了同治帝后来的家庭悲剧根子。
慈安太后既然更多的专注于宫廷内家庭生活，理政之事自然就多数交给了慈禧太后。随着时间的推移，慈禧太后的权力越来越大，胆量越来越大，对于如何运用权术也越来越谙熟。
云南人何桂清第一个撞到慈禧手里。咸丰十一年（公元1860）五月十九日，太平天国将领李秀成攻克丹阳，身在常州的清军大将何桂清大惊失色，以筹饷的名义弃城出逃苏州。常州士绅挡路顶香跪请何桂清留守，何竟命亲兵开枪，当场致死士绅十九人。几天后常州失陷，生灵涂炭。激起公愤的何桂清逃往苏州，江苏巡抚徐有壬拒其入城并向清廷上书弹劾何桂清，何又逃往上海。此后苏州失陷。徐有壬跳水自尽，死前留下遗折，仍然请求严惩何桂清。江苏绅民对何桂清尤为痛恨，都要求处死。尽管如此，何桂清仍然在朝廷中有盘根错节的关系网，他的生死也关系着朝政大局，关系着各支兵马彼此牵制抗衡的局面。于是，何桂清之事一搁置就是两年。同治元年，何桂清终于入狱，然而也惹来了以大学士祁俊藻为首的十七人上疏搭救。然而慈禧太后并没有就此收手。当年冬天，何桂清问斩。慈禧太后一举立威并兼收民心。
另一件立威之事发生在同治二年。在“辛酉政变”中立下大功的胜保由于擅自调兵，不再完全驯服，尽管他“有无敌御侮之功，无失地丧师之罪”，慈禧太后仍然颁下了赐死胜保的诏令。
随着慈禧太后在权力和权力各方面的成熟，两宫太后与恭亲王奕之间的关系也发生了微妙的变化。同治四年（公元1865）春天，奕终于败下阵来，被两宫太后以“信任亲戚，内廷召对，时有不检”的罪名，一道谕旨罢免了所有职务。
这当然只是个显露手段的花招而已。谕旨下过之后，以西太后妹夫醇郡王为首的王公大臣们就象约好了似的纷纷上书请饶，几天后，两宫太后终于发了慈悲，命奕“仍在内廷行走，管理总理各国事务衙门。”奕终于尝到了慈禧太后的厉害，知道自己旧日的权力地盘已经失守，立即进宫痛哭请罪，并且主动要求将女儿荣寿公主的封号降级。两宫太后对奕的态度表示满意，又降旨说“王亲信重臣，相关休戚，期望既厚，责备不得不严。仍在军机大臣上行走。”——经此一役，奕老实了很多，同时也意识到慈禧在其中起的作用，遂着意保持与慈安太后的关系，希望能够与慈安、以及慈安一边的同治帝联手制服慈禧。
作为深居后宫的太后，慈禧权力虽大，接触得最多的人却无非是太监宫女，而在“辛酉政变”中立下汗马功劳的太监安德海当然首屈一指。由于立下如此大功，安德海极得慈禧信任，地位也扶摇直上，成了六品蓝翎大太监。但这位大太监与后来的李莲英不同，过于小人得志，凡事都不知道要留有余地，他借着慈禧太后的光儿，将慈安太后、恭亲王，乃至小皇帝载淳都不放在眼里。慈安太后与慈禧太后之间的关系也因此逐渐紧张起来。恭亲王奕更是对安德海痛恨之至，认为他一介太监时有干政，违背了祖制，早想除之而后快。
清宫向有制度，太监不得干政，更不得擅自出宫。然而年轻识浅得意忘开的安德海却打算借太后之威挑战制度。同治八年（公元1869）七月，安德海觉得在皇宫内炫耀得还不够，想要到外头去威风威风，便向慈禧提出请求，想要亲自出马到江南去督办同治帝的龙衣。慈禧太后开始倒也对安德海做了些劝阻，但终于禁不住安德海的巧辩，答应了下来，征得了同治帝的口头应允之后，安德海便以“钦差大臣”的名义浩浩荡荡地顺水路出京了。安德海前脚刚出京，同治帝后脚便将此事告诉了东太后慈安及恭亲王奕，决定借此机会除掉安德海。遂将一道密诏发至与奕关系密切的山东巡抚丁葆桢处。
安德海一入山东境内，就进入了丁葆桢的监控之中。安德海却茫然不知，一路骚扰百姓，索取贿赂，七月二十一日这天还在山东德州境内大摆寿宴。察勘明白之后，丁葆桢立即将安德海在泰安地方捉住。安德海被抓时仍然嚣张无比地对丁葆桢说：“汝辈自速辜耳！”丁葆桢答曰：“宦竖私出，非制。且大臣未闻有命，必诈无疑。”丁葆桢随后上奏，奏章也恰到好处地先被恭亲王看见。于是此事便被公开举发。慈禧太后闻讯后非常惊慌，害怕此事会烧至自身。她很快就看清了形势，决定丢卒保车，遂与东太后恭亲王及军机大臣们一起商议定了诛杀“安姓太监”的主张。对于处死安德海，慈禧太后是很不情愿的。谕旨拖了两天，才在醇亲王的当面请求下从宫中发出。
数日后谕旨到达济南，二十六岁的安德海及其随从二十余人被斩。