面对那些已经饿得差不多的太平天国军民，湘军并没有丝毫的怜悯，全城男女老幼，还有守军两万余人，被尽数屠戮，尸体浮江，江水都为之染红。
胜利指日可待的时候，胡林翼却已经重病缠身。攻破安庆不到一个月，胡林翼终因心力交瘁而病死在武昌，终年五十岁。临死前，胡林翼被朝廷加封为太子太保，可惜路途遥远，封赏消息在胡林翼死后第二天才到。
曾国荃
陈玉成眼睁睁地看着安庆守军全军覆没，却又无计可施，只能挥泪撤往庐州，从此了无进展。1862年6月，陈玉成被困庐州，被时叛时顺的淮北割据势力苗沛霖诱至寿州而被俘，后被解送到清将胜保大营，凌迟处死。从此，太平军后期纵横一时的陈玉成兵团土崩瓦解，被悉数消灭，皖北基地也由此沦入湘军之手，太平天国的江山也就去了一大半。
攻陷安庆后，曾国藩指挥三路大军围困天京，在安庆杀红了眼的曾国荃率湘军主力中路突进，另外左宗棠和李鸿章率两路偏师分别从南路和东路进行包抄。面对天京危局，李秀成仍旧转战苏南，并在上海附近和洋枪队发生激烈冲突，一直等到洪秀全严诏才回到天京。
1862年5月底，湘军水陆并进，直抵天京城外。湘军陆师扎营于雨花台，直插天京的心脏；水师由湘军才子“雪帅”彭玉麟率领，镇守河口，卡住天京的脖子。而此时回援的太平军虽然数量众多，但大都是新兵；没有经验，也没有激情，正如湘军幕僚王闿运在《湘军水陆战纪》里说的：“（太平军）罕搏战，率恃炝声相震骇，比于初起时衰矣！”此时的太平军，已经是暮气沉沉了。
天京城破日，血满金陵河(2)
随后的雨花台之战，可以清楚地看到双方“势”的转移。湘军虽然人数少，但准备充分，在水师的辅助下，粮草充足，器械精良，势在必得。尽管太平军一批又一批地连续冲杀，湘军始终岿然不动。主将曾国荃甚至在左腮中弹、满脸是血的情况下，仍旧骑马在湘军各营垒中来回驰骋，指挥并鼓舞手下的士兵拼死顶住太平军排山倒海般的进攻。在最危急的时候，湘军和太平军更是近身赤刃格斗，杀得营垒里尸横遍地，血流成河。但最终还是湘军取得了胜利，李秀成见久攻不下，只好放弃进攻后进入天京。
在天京被围的时候，东南战场也是恶讯频频，李秀成打下的常熟、太仓、昆山等相继陷落，李秀成心里着急，请求去苏州救援，但洪秀全怕他远走高飞，就扣下他母亲和妻子儿女作为人质，并要求交银十万两助饷。当时围困苏州的有李鸿章的淮军三万人、戈登的常胜军三千多人和中法混合军（常捷军）四百多人，力量远胜于太平军，虽然后来李秀成亲临苏州指挥，但还是无济于事。洪秀全不久又以天京事急为由召回李秀成，苏州也随即发生叛降事件，苏州太平军的主将、李秀成的部下慕王谭绍光，被纳王郜永宽等人所杀，苏州于1863年底被攻破。
在苏州陷落的时候，李秀成向洪秀全提出“让城别走”。但洪秀全听后勃然大怒，严厉斥责道：“朕铁桶江山，尔不扶，有人扶。尔说无兵，朕之天兵多过于水，何惧曾妖乎？”
李秀成带领剩余的太平军悉数进入天京城后，已成瓮中之鳖。天京被围后，粮食锐减，天王此时只得号召大家以“甘露”为食。何谓“甘露”？就是各种野草。在湘军日逼日紧的形势下，城内的一些人开始为自己作打算了，松王陈得风、吏部尚书朱兆英等人即暗通湘军，以求自保。
1864年5月30日，五十二岁的洪秀全撒手西去，据说是因为食用“甘露”慢性中毒而死。临死前，天王还幽默了一把，“朕即上天堂，向天父、天兄领到天兵，保固天京”。洪秀全死后，十六岁的儿子洪天贵福继位。这可怜的小东西，虽然很早就有了四个王妃，但估计还没来得及享福，就要面对天京城破后的悲惨命运了。
曾国荃得知城内粮食耗尽、火药用完后，加紧在天京城外挖地道，埋进万斤炸药。1864年7月19日，只听“轰”的一声，地动山摇中，地道炸药炸开了天京城墙，在隆隆的炮声和阵阵喊杀声中，天京城破。在一片混乱当中，章王林绍璋投河自尽，顾王吴汝孝上吊自杀。
李秀成领着数十骑兵在城内飞奔试图堵截湘军，但湘军如潮水一般涌入，如何堵得住？无奈之下，李秀成只好奔向天王府，到后见宫门大开，宫女们纷纷逃出，数以百计的妃嫔蚂蚁般地投河自尽。御河之外，很多逃无可逃的太平天国军民男妇争相投河而死，尸体填溢如桥，水不能流。
这时，只见王后赖氏一手牵着洪天贵福，一手拿着剑，踉踉跄跄地从天王府中走出。赖氏看到李秀成后，泪流满面地说：“天王创业一生，想不到今日覆亡，真是天绝我也！这个孩子年纪小，身体弱，就交给忠王你了。”说完，赖氏跃入御河而死。
乘着薄暮时分，李秀成一行人带着幼主冒充清军从城破处拼死杀出，沿孝陵卫走入紫金山。但南京城外300里，到处都是湘军的关卡，李秀成一行人屡次遭遇湘军并发生小规模的战斗，洪天贵福在清凉山外战斗中走散（被李世贤护送），最后只剩下9人奔入无名荒山之无名小庙，李秀成白天不敢出去，晚上下山取水被附近村民发现，剩余随从被杀。这些土人贪图李秀成携带的珠宝，由于分赃不均，最后闹哄哄地把李秀成扭送到曾国荃的大帐之中。
曾国荃随后立刻讯问，李秀成开始不配合，曾国荃大怒，“椎刺其股”，李秀成骂道：“曾九！你不要得志就猖狂，大家彼此不过各为其主，何必如此凌辱于我？”曾国荃狂怒，当场就想把他给宰了。幸好曾国藩的幕僚赵烈文在场，把李秀成带走讯问，问：“汝今计安出？”李秀成答：“死矣！”赵烈文发现李秀成“言辞有乞活之意”，便说：“你的罪大，得听朝廷旨意，并非是统帅所能决定的。”李秀成听后俯首不语。
天京城破日，血满金陵河(3)
曾国藩得到李秀成被俘消息后，急令好生对待，随后赶到金陵亲自讯问李秀成，曾国藩和急躁的弟弟不一样，每日对李秀成“逐日排宴，待以客礼”，还说，你也是人中豪杰，没有遇到明主，才落得今天的地步，实在是可惜。李秀成对曾国藩的胸襟有些感动，随后便很配合地在单人囚室里每日奋笔疾书，从六月十七日至二十七日，日书数千言，十日后写成《李秀成自述》。李秀成虽然对曾国藩报有幻想，但终究还是在写完《自述》后被凌迟处死。参与审理李秀成全过程的赵烈文在日记里记载说：“（李秀成）傍晚赴市，作绝命词，无韵而俚鄙可笑，付监刑庞省三，叙其尽忠之意，遂就诛。”
赵烈文也亲眼目睹了湘军攻破天京的全过程，据他的记载，湘军入城后到处杀人抢掠，连两三岁的小孩也不放过，杀之取乐。天京城中，唯见血雨腥风，哀号之声，不绝于耳。在抢掠完之后，湘军开始四处纵火，城中火光冲天，三日不止，“十年壮丽天王府”，老百姓十年的血汗，就这样被烧了个一干二净。
整个天京，至少有十万多人被杀。中国近代史上，最苦唯有南京人。1853年太平军攻下南京，杀！1864年湘军攻下南京，杀！1937年日本兵攻下南京，更是血海滔天！
太平天国13年，如今尘埃终落定。回望滔滔江水，13年的血海拼杀，曾国藩终于如愿以偿，成为再造晚清的“中兴第一名臣”。
太平余波，纷纷扰扰(1)
天京城破后，幼天王洪天贵福骑着李秀成给他的骏马，乘着天黑闯出了天京城，但在随后的突围中又和李秀成走散。幸好李世贤及时拍马赶到，洪天贵福才得以杀出重围，逃到安徽广德一带。
此时，正在外地召集勤王兵的干王洪仁玕听说天京围急，急欲赶回天京，但在路上就得知天京陷落，幼主到了广德，洪仁玕于是又赶到那里与他们会合。洪天贵福见了族叔后，眼泪一把鼻涕一把的，赶紧封洪仁玕为军师。
好不容易喘了口气后，李世贤跟洪仁玕说：“如今天京虽然已经失陷，但好在幼天王已经脱险，革命还有希望。现在长江以南堵王黄文金和康王汪海洋的兵力，加起来有三十多万；长江以北扶王陈得才、遵王赖文光，加上张宗禹（捻军）的兵力，大概也有六七十万，如此算来，我们还有百万之众，只要团结一心，还是能够横行天下的。当今之计，最好是以幼天王为号召，让堵王赶紧和康王合兵一起，增加彼此的势力，然后直捣湖南，夺取长沙。到时继续北上，会合汉中陈得才和张宗禹之兵力，就有百万之众了。等到大兵集合在一起，我们立刻杀奔关中，夺取咸阳，再图中兴之业。”
李世贤的计划，和道州举人胡孝先最开始时向洪秀全提出的建议，几乎如出一辙。只不过，他估计的兵力，里面是大有水分的。
洪仁玕听后表示同意。于是两人领着幼天王，带领残余兵力，赶到浙江湖州去见堵王黄文金。当时太平天国的叛将蔡元隆，帮助清军攻占了湖州，堵王黄文金恼怒，正把湖州围了个水泄不通，但这个蔡元隆在城内坚守不出，黄文金听说城内粮食吃完，连战马也吃了，心想一定要破城宰了这个叛徒。